seed used = 1377844437 12 999 X02152Hom ATG GCA ACT CTA AAG GAT CAG CTG ATT TAT AAT CTT CTA AAG GAA GAA CAG ACC --- CCC CAG AAT AAG ATT ACA GTT GTT GGG GTT GGT GCT GTT GGC ATG GCC TGT GCC ATC AGT ATC TTA ATG AAG GAC TTG GCA GAT GAA CTT GCT CTT GTT GAT GTC ATC GAA GAC AAA TTG AAG GGA GAG ATG ATG GAT CTC CAA CAT GGC AGC CTT TTC CTT AGA ACA CCA AAG ATT GTC TCT GGC AAA GAC TAT AAT GTA ACT GCA AAC TCC AAG CTG GTC ATT ATC ACG GCT GGG GCA CGT CAG CAA GAG GGA GAA AGC CGT CTT AAT TTG GTC CAG CGT AAC GTG AAC ATA TTT AAA TTC ATC ATT CCT AAT GTT GTA AAA TAC AGC CCG AAC TGC AAG TTG CTT ATT GTT TCA AAT CCA GTG GAT ATC TTG ACC TAC GTG GCT TGG AAG ATA AGT GGT TTT CCC AAA AAC CGT GTT ATT GGA AGT GGT TGC AAT CTG GAT TCA GCC CGA TTC CGT TAC CTG ATG GGG GAA AGG CTG GGA GTT CAC CCA TTA AGC TGT CAT GGG TGG GTC CTT GGG GAA CAT GGA GAT TCC AGT GTG CCT GTA TGG AGT GGA ATG AAT GTT GCT GGT GTC TCT CTG AAG ACT CTG CAC CCA GAT TTA GGG ACT GAT AAA GAT AAG GAA CAG TGG AAA GAG GTT CAC AAG CAG GTG GTT GAG AGT GCT TAT GAG GTG ATC AAA CTC AAA GGC TAC ACA TCC TGG GCT ATT GGA CTC TCT GTA GCA GAT TTG GCA GAG AGT ATA ATG AAG AAT CTT AGG CGG GTG CAC CCA GTT TCC ACC ATG ATT AAG GGT CTT TAC GGA ATA AAG GAT GAT GTC TTC CTT AGT GTT CCT TGC ATT TTG GGA CAG AAT GGA ATC TCA GAC CTT GTG AAG GTG ACT CTG ACT TCT GAG GAA GAG GCC CGT TTG AAG AAG AGT GCA GAT ACA CTT TGG GGG ATC CAA AAG GAG CTG CAA TTT U07178Sus ATG GCA ACT CTC AAG GAT CAG CTG ATT CAC AAT CTT CTT AAG GAA GAG CAT GTT --- CCC CAC AAT AAG ATT ACA GTT GTT GGG GTT GGT GCT GTT GGC ATG GCT TGT GCC ATC AGT ATC TTA ATG AAG GAA TTG GCG GAT GAA ATT GCT CTC GTT GAT GTC ATG GAA GAC AAA CTG AAG GGA GAG ATG ATG GAT CTG CAA CAT GGC AGC CTT TTC CTT AGG ACC CCA AAA ATT GTC TCT GGC AAA GAC TAT AAC GTG ACT GCA AAC TCT AGG CTG GTT GTT ATC ACA GCT GGT GCA CGT CAG CAA GAG GGA GAA AGC CGT CTT AAT TTG GTC CAG CGT AAT GTG AAC ATC TTT AAA TTC ATC ATT CCT AAT ATT GTA AAA TAC AGC CCA AAC TGC AAG TTG CTT GTT GTT TCC AAT CCA GTG GAT ATC TTG ACC TAT GTG GCT TGG AAG ATA AGT GGC TTT CCC AAA AAC CGT GTT ATT GGA AGT GGT TGC AAT TTG GAT TCA GCC CGG TTC CGT TAC CTA ATG GGG GAA AGG CTG GGA GTT CAC CCC CTA AGC TGT CAT GGG TGG ATC CTT GGG GAG CAT GGA GAC TCT AGT GTG CCT GTG TGG AGC GGA GTA AAT GTT GCT GGT GTC TCC CTG AAG AAT CTG CAC CCT GAA TTA GGC ACT GAT GCA GAT AAG GAA CAC TGG AAA GCG GTT CAC AAA CAG GTG GTG GAC AGT GCT TAT GAG GTG ATC AAA CTG AAA GGC TAC ACG TCC TGG GCC ATT GGA CTA TCT GTT GCA GAT CTG GCA GAA AGT ATA ATG AAG AAT CTT AGG CGG GTG CAT CCG ATT TCC ACC ATG ATT AAG GGT CTC TAT GGG ATA AAA GAG GAT GTC TTC CTT AGT GTT CCT TGC ATC TTG GGA CAG AAT GGA ATC TCA GAT GTT GTG AAA GTG ACT CTG ACT CCT GAG GAA GAG GCT CAT TTG AAG AAG AGT GCA GAT ACA CTT TGG GGG ATC CAG AAA GAG CTG CAA TTT NM017025Rat ATG GCA GCC CTC AAG GAC CAG CTG ATT GTG AAT CTT CTT AAG GAA GAA CAG GTC --- CCC CAG AAC AAG ATT ACA GTT GTT GGG GTT GGT GCT GTT GGC ATG GCT TGT GCC ATC AGT ATC TTA ATG AAG GAC TTG GCT GAT GAG CTT GCC CTT GTT GAT GTC ATA GAA GAT AAG CTA AAG GGA GAG ATG ATG GAT CTT CAG CAT GGC AGC CTT TTC CTT AAG ACA CCA AAA ATT GTC TCC AGC AAA GAT TAT AGT GTG ACT GCA AAC TCC AAG CTG GTC ATT ATC ACC GCG GGG GCC CGT CAG CAA GAG GGA GAG AGC CGG CTC AAT TTG GTC CAG CGA AAC GTG AAC ATC TTC AAG TTC ATC ATT CCA AAT GTT GTG AAA TAC AGT CCA CAG TGC AAA CTG CTC ATC GTC TCA AAC CCA GTG GAT ATC TTG ACC TAC GTG GCT TGG AAG ATC AGC GGC TTC CCC AAA AAC AGA GTT ATT GGA AGT GGT TGC AAT CTG GAT TCG GCT CGG TTC CGT TAC CTG ATG GGA GAA AGG CTG GGA GTT CAT CCA CTG AGC TGT CAC GGG TGG GTC CTG GGA GAG CAT GGC GAC TCC AGT GTG CCT GTG TGG AGT GGT GTG AAC GTC GCC GGC GTC TCC CTG AAG TCT CTG AAC CCG CAG CTG GGC ACG GAT GCA GAC AAG GAG CAG TGG AAG GAT GTG CAC AAG CAG GTG GTT GAC AGT GCA TAC GAA GTG ATC AAG CTG AAA GGT TAC ACA TCC TGG GCC ATT GGC CTC TCC GTG GCA GAC TTG GCC GAG AGC ATA ATG AAG AAC CTT AGG CGG GTG CAT CCC ATT TCC ACC ATG ATT AAG GGT CTC TAT GGA ATC AAG GAG GAT GTC TTC CTC AGC GTC CCA TGT ATC CTG GGA CAA AAT GGA ATC TCA GAT GTT GTG AAG GTG ACA CTG ACT CCT GAC GAG GAG GCC CGC CTG AAG AAG AGT GCA GAT ACC CTC TGG GGA ATC CAG AAG GAG CTG CAG TTC U13687Mus ATG GCA ACC CTC AAG GAC CAG CTG ATT GTG AAT CTT CTT AAG GAA GAG CAG GCT --- CCC CAG AAC AAG ATT ACA GTT GTT GGG GTT GGT GCT GTT GGC ATG GCT TGT GCC ATC AGT ATC TTA ATG AAG GAC TTG GCG GAT GAG CTT GCC CTT GTT GAC GTC ATG GAA GAC AAA CTC AAG GGC GAG ATG ATG GAT CTC CAG CAT GGC AGC CTC TTC CTT AAA ACA CCA AAA ATT GTC TCC AGC AAA GAC TAC TGT GTA ACT GCG AAC TCC AAG CTG GTC ATT ATC ACC GCG GGG GCC CGT CAG CAA GAG GGG GAG AGC CGG CTC AAC CTG GTC CAG CGA AAC GTG AAC ATC TTC AAG TTC ATC ATT CCC AAC ATT GTC AAG TAC AGT CCA CAC TGC AAG CTG CTG ATC GTC TCC AAT CCA GTG GAT ATC TTG ACC TAC GTG GCT TGG AAA ATC AGT GGC TTT CCC AAA AAC CGA GTA ATT GGA AGT GGT TGC AAT CTG GAT TCA GCG CGG TTC CGT TAC CTG ATG GGA GAG AGG CTG GGG GTT CAC GCG CTG AGC TGT CAC GGC TGG GTC CTG GGA GAA CAT GGC GAC TCC AGT GTG CCT GTG TGG AGT GGT GTG AAT GTT GCC GGC GTC TCC CTG AAG TCT CTT AAC CCA GAA CTG GGC ACT GAC GCA GAC AAG GAG CAG TGG AAG GAG GTT CAC AAG CAG GTG GTG GAC AGT GCC TAC GAG GTG ATC AAG CTG AAA GGT TAC ACA TCC TGG GCC ATT GGC CTC TCT GTG GCA GAC TTG GCT GAG AGC ATA ATG AAG AAC CTT AGG CGG GTG CAT CCC ATT TCC ACC ATG ATT AAG GGT CTC TAT GGA ATC AAT GAG GAT GTC TTC CTC AGT GTC CCA TGT ATC CTG GGA CAA AAT GGA ATC TCG GAT GTT GTG AAG GTG ACA CTG ACT CCT GAG GAA GAG GCC CGC CTG AAG AAG AGC GCA GAC ACC CTC TGG GGA ATC CAG AAG GAG CTG CAG TTC M22585rab ATG GCA GCT CTC AAG GAT CAG CTG ATT CAC AAC CTT CTG AAG GAA GAA CAT GTC --- CCC CAA AAT AAG ATC ACG GTT GTG GGG GTT GGT GCT GTG GGC ATG GCC TGT GCC ATC AGT ATC TTA ATG AAG GAC TTG GCG GAT GAA CTT GCT CTT GTT GAT GTC ATG GAA GAT AAA CTG AAG GGA GAG ATG ATG GAT CTC CAG CAT GGC AGC CTT TTC CTT AGA ACC CCC AAA ATT GTC TCT GGC AAG GAC TAC AGT GTG ACG GCC AAC TCC AAG CTG GTG ATC ATC ACG GCT GGG GCA CGG CAG CAA GAG GGA GAA AGC CGT CTG AAC TTG GTC CAG CGT AAC GTG AAC ATC TTC AAA TTC ATC ATT CCC AAT GTT GTC AAG TAC AGC CCC CAC TGC AAG TTG CTT GTT GTT TCC AAT CCA GTG GAT ATC CTG ACC TAT GTG GCC TGG AAG ATA AGT GGC TTT CCC AAA AAC CGT GTG ATT GGA AGT GGT TGC AAC CTG GAT TCA GCC CGC TTC CGT TAC CTG ATG GGG GAA AGG CTG GGA GTT CAC GCG CTG AGC TGT CAC GGC TGG ATC CTG GGC GAG CAT GGA GAT TCA AGT GTG CCT GTG TGG AGC GGC ATG AAC GTT GCT GGT GTC TCC CTG AAG ACT CTG CAC CCA GAG TTA GGC ACC GAT GCA GAC AAG GAA CAG TGG AAA CAA GTG CAC AAA CAA GTG GTA GAC AGT GCT TAT GAG GTG ATC AAG CTG AAG GGC TAC ACT ACC TGG GCC ATT GGA CTG TCT GTG GCA GAT CTG GCA GAG AGC ATA ATG AAG AAT CTC AGG AGG GTG CAT CCG ATT TCC ACC ATG CTT AAG GGG CTC TAT GGA ATA AAG GAG GAT GTC TTC CTT AGT GTT CCT TGC GTC TTG GGA CAA AAT GGG ATC TCA GAC GTT GTG AAG GTG ACT CTA ACC TCT GAA GAA GAG GCC CAC CTG AAG AAG AGC GCG GAC ACG CTG TGG GGA ATC CAA AAA GAG CTG CAG TTT AF070995C ATG TCC ACC GTC AAG GAG CAG CTA ATT CAG AAC CTA ACT CAA GAA GAT AAA ACC --- TCC CGG TGT AAG ATC ACT GTG GTG GGA GTT GGG AAT GTC GGC ATG GCG TGT GCT ATT AGT ATC TTA CTG AAG GAT TTG GCC GAT GAA CTG GCC CTT GTT GAC ACT GAT ACC GAC AAA CTG AAG GGA GAG ACG CTG GAT CTT CTG CAT GGC AGT CTT TTC TTC AAC ACT TCA AAG ATT GTC TCT GGA AAA GAT TAC AGT GTG TCT GCC AAC TCC AAA TTA GTT ATC ATC ACA GCC GGT GCT AGG CAG AAG GTG GGG GAA ACA CGC CTT GAC CTG GTC CAG CGT AAC GTT GCT ATC ATG AAA TCC ATC GTT CCT GGC TTA GTG CAA CAT AGT CCT GAC TGT AAA ATG CTG ATC GTC TCA AAC CCA GTG GAT ATT TTG ACT TAT GTG GTC TGG AAG ATA AGT GGC CTG CCT GCA ACT CGT GTA ATT GGA AGT GGC TGT AAC CTA GAT TCT GCC CGT TTC CGT TAC TTG ATT GGA GAG AAG TTG GGT GTC CAC CCT ACA AGT TGC CAC GGC TGG GTT CTT GGA GAA CAC GGT GAC TCT AGT GTG CCC TTA TGG AGT GGT GTG AAC GTT GCT GGC GTA CTT CTG AAG TCA CTG AAC CCA GCG TTA GGA AGC GAC TCA GAC CAA GAG CAC TGG AAA AAG ATC CAC AAC CAA GTG GTG GAG AGT GGC TAT GAG GTC CTC CGG CTG AAG GGC TAT ACA TCT TGG GCT ATT GGG CTG TCC GTG ACA GAT CTG GCA AGA TCA ATC CTG AAG AAT CTT AGG AGG GTG CAT CCC GTT TCC ACA CTG GTT AAG GGC TTA TAT GAG ATA AAG GAA GAA ATC TTT CTC AGC ATT CCT TGT ATC TTG GGA CAA AAC GGC ATC ACA GAC ATT GTG AAA GTG AAC CTG AAT CCC GAG GAG GAG GCC CTT CTC AGG AAG AGT GCG GAA ACA CTC TGG AAC GTC CAA AAG GAC CTC AAA TTG U95378Sus ATG TCA ACT GTC AAG GAG CAG CTT ATT GAG AAT CTA ATT GAA GAA GAT GAA GTC --- TCC CAG AGT AAG ATC ACC ATT GTT GGA ACC GGT GCT GTA GGC ATG GCT TGT GCT ATT TGT ATC TTA TTG AAG GAT TTG GCT GAT GAG CTT GCC CTT GTT GAT GTT GCA GTG GAC AAA CTG AAG GGA GAA ACA ATG GAT CTT CAG CAT GGC AGT CTT TTC TTC AAT ACT TCA AAG ATT GTC TCT GGA AAA GAT TAC AGT GTA TCT GCA AAC TCC AAA ATT GTT ATT GTC ACA GCA GGT GCA CGG CAG CAG GAG GGA GAA AGT CGC CTT GCC CTG GTC CAG CGT AAT GTG AAT ATC ATG AAA TCA ATC ATT CCT ACC ATA GTC CAA CAT AGT CCT GAC TGT AAG ATG CTT ATT GTT TCA AAT CCG GTG GAT ATT TTG ACC TAC GTT GCT TGG AAG TTA AGT GGC TTA CCT GCA ACT CGT GTA ATT GGA AGT GGT TGT AAT CTA GAC TCT GCC CGT TTC CGT TAC CTA ATT GGA AAG AAA TTG GGT GTA CAT CCC ACA AGC TGT CAT GGT TGG ATT ATT GGA GAA CAT GGT GAC TCT AGT GTG CCT TTA TGG AGT GGA GTA AAT GTT GCT GGT GTT GCT CTG AAG ACT CTT GAT CCT AAG TTA GGA ACT GAT TCA GAC AAG GAC CAG TGG AAA AAT ATC CAT AAA CAA GTT ATT GGA AGT GCC TAT GAG ATT ATC AAG CTG AAG GGG TAT ACC TCT TGG GCT ATT GGA CTG TCT GTG ACA GAT CTG GTA GGA TCA ATT TTG AAA AAT CTT AGG AGA GTG CAT CCA GTT TCT ACT ATG GTT AAG GGC TTA TAC GGA ATA AAA GAA GAA ATC TTT CTC AGC ATC CCT TGT GTC TTG GGG CGA AAT GGT GTC TCA GAT ATT GTG AAA GTT AAC TTG AAT GCT GAG GAG GAG GCC CTT TTC AAG AAG AGT GCA AAC ACG CTT TGG AAT GTC CAA AAA GAC TTG ACG TTT X04752Mus ATG TCC ACC GTC AAG GAG CAG CTG ATT CAG AAC CTA GTT CCG GAA GAT AAA CTT --- TCC CGG TGT AAG ATT ACT GTG GTC GGA GTT GGA AAT GTG GGC ATG GCG TGT GCT ATT AGT ATT TTA CTG AAG GGT TTG GCT GAT GAA CTT GCC CTT GTT GAC GCT GAT ACG AAC AAA CTG AGG GGA GAG GCA CTG GAT CTT CTG CAC GGC AGT CTT TTC CTT AGC ACT CCA AAA ATC GTC TTT GGA AAA GAT TAC AAT GTA TCT GCC AAC TCC AAA CTG GTT ATT ATC ACA GCT GGT GCA AGA ATG GTG TCT GGA GAA ACT CGC CTT GAC CTG CTC CAA CGT AAT GTC GCT ATC ATG AAA GCC ATT GTT CCG GGC ATT GTC CAA AAC AGT CCG GAC TGT AAA ATA ATT ATC GTC ACT AAC CCA GTG GAT ATT TTG ACA TAC GTG GTT TGG AAG ATA AGC GGC TTC CCT GTA GGC CGT GTG ATC GGA AGT GGC TGT AAC CTA GAC TCA GCA CGT TTT CGT TAC CTG ATT GGG GAG AAG CTG GGT GTC AAC CCT ACA AGC TGC CAC GGC TGG GTT CTT GGA GAA CAT GGG GAC TCC AGT GTG CCC ATA TGG AGT GGT GTA AAC GTT GCT GGC GTA ACT CTG AAG TCA CTG AAC CCA GCA ATA GGA ACT GAC TCA GAT AAG GAA CAC TGG AAA AAT GTT CAC AAG CAG GTG GTG GAA GGC GGC TAT GAG GTC CTT AAC ATG AAG GGC TAT ACC TCT TGG GCT ATC GGG CTG TCT GTG ACT GAT CTG GCG CGA TCC ATC TTG AAG AAT CTT AAG AGA GTG CAT CCT GTT ACC ACG CTG GTT AAG GGC TTC CAT GGG ATA AAG GAA GAG GTC TTC CTC AGT ATC CCT TGT GTC TTG GGA CAA AGT GGT ATC ACA GAC TTT GTG AAA GTC AAC ATG ACC GCT GAG GAG GAG GGT CTC CTC AAG AAG AGT GCG GAC ACA CTC TGG AAT ATG CAG AAG GAT CTG CAG TTA U07177Rat ATG TCC ACT GTC AAG GAG CAG CTA ATT CAG AAC CTA GCT CCA GAT GAA AAA CAA --- TCC CGG TGT AAG ATC ACT GTG GTC GGA GTT GGA AAT GTG GGC ATG GCG TGT GCC ATT AGT ATT TTA CTG AAG GGT CTG GCT GAT GAA CTT GCC CTT GTT GAT GCT GAT GAG AAC AAA CTG AAG GGA GAG GCA CTG GAT CTT CTG CAT GGC AGC CTT TTC CTC AGC ACT CCA AAA ATC GTC TTT GGA AAA GAT TAC AGT GTA TCT GCC AAC TCC AAA CTG GTT ATT ATC ACT GCT GGT GCA AGA ATG GTG AGT GGA GAA TCT CGT CTT GCC CTG CTC CAA CGT AAT GTC ACA TCT ATG AAA GCC ATC GTT CCC GGC GTA ATC CAA AAC AGT CCG GAC TGT AAA ATA ATG ATT GTC ACA AAC CCA GTC GAT ATT TTG ACA TAC GTG GTT TGG AAG ATA AGT GGC CTC CCT GTA AGC AGT GTG ATT GGA AGT GGC TGT AAC CTA GAC TCC GCT CGT TTC CGT TAC CTG ATT GGA GAG AAG CTG GGT GTC AAC CCT TCG AGC TGC CAT GGC TGG GTT CTT GGA GAA CAT GGG GAC TCC AGT GTG CCC ATA TGG AGT GGT GTG AAC ATT GCT GGC GTA ACT CTG AAG TCA CTG AAC CCA GCA ATA GGA TCC GAC TCC GAT AAG GAA CAG TGG AAA ACC GTT CAC AAG CAG GTG GTG GAT GGT GGC TAT GAG GTC CTT AAC CTG AAG GGC TAT ACC TCT TGG GCC ATT GCG CTG TCT GTG ACT GAT ATC GCT GCA TCA ATC TTG AAG AAT CTT AAG AGG GTG CAT GCT GTT ACT ACG CTG GTT AAG GGC TTA TAT GGG ATA AAG GAA GAA ATC TTC CTC AGT ATC CCG TGT GTC TTG GGA CAA AGT GGC ATC ACA GAC CTT GTG AAA GTC AAC ATG AAC ACC GAG GAG GAA GCT CTT TTT AAG AAG AGT TGC GAC ATA CTC TGG AAC ATC CAG AAA GAT CTG CAA TTA U13680Hom ATG TCA ACT GTC AAG GAG CAG CTA ATT GAG AAG CTA ATT GAG GAT GAT GAA AAC --- TCC CAG TGT AAA ATT ACT ATT GTT GGA ACT GGT GCC GTA GGC ATG GCT TGT GCT ATT AGT ATC TTA CTG AAG GAT TTG GCT GAT GAA CTT GCC CTT GTT GAT GTT GCA TTG GAC AAA CTG AAG GGA GAA ATG ATG GAT CTT CAG CAT GGC AGT CTT TTC TTT AGT ACT TCA AAG ATT ACT TCT GGA AAA GAT TAC AGT GTA TCT GCA AAC TCC AGA ATA GTT ATT GTC ACA GCA GGT GCA AGG CAG CAG GAG GGA GAA ACT CGC CTT GCC CTG GTC CAA CGT AAT GTG GCT ATA ATG AAA TCA ATC ATT CCT GCC ATA GTC CAT TAT AGT CCT GAT TGT AAA ATT CTT GTT GTT TCA AAT CCA GTG GAT ATT TTG ACA TAT ATA GTC TGG AAG ATA AGT GGC TTA CCT GTA ACT CGT GTA ATT GGA AGT GGT TGT AAT CTA GAC TCT GCC CGT TTC CGT TAC CTA ATT GGA GAA AAG TTG GGT GTC CAC CCC ACA AGC TGC CAT GGT TGG ATT ATT GGA GAA CAT GGT GAT TCT AGT GTG CCC TTA TGG AGT GGG GTG AAT GTT GCT GGT GTT GCT CTG AAG ACT CTG GAC CCT AAA TTA GGA ACG GAT TCA GAT AAG GAA CAC TGG AAA AAT ATC CAT AAA CAA GTT ATT CAA AGT GCC TAT GAA ATT ATC AAG CTG AAG GGG TAT ACC TCT TGG GCT ATT GGA CTG TCT GTG ATG GAT CTG GTA GGA TCC ATT TTG AAA AAT CTT AGG AGA GTG CAC CCA GTT TCC ACC ATG GTT AAG GGA TTA TAT GGA ATA AAA GAA GAA CTC TTT CTC AGT ATC CCT TGT GTC TTG GGG CGG AAT GGT GTC TCA GAT GTT GTG AAA ATT AAC TTG AAT TCT GAG GAG GAG GCC CTT TTC AAG AAG AGT GCA GAA ACA CTT TGG AAT ATT CAA AAG GAT CTA ATA TTT X53828OG1 ATG TCT --- CTC AAG GAT CAT CTC ATC CAC AAT GTC CAC AAA GAG GAG CAC GCT CAT GCC CAC AAC AAG ATC AGC GTG GTT GGT GTG GGT GCA GTT GGA ATG GCT TGT GCC ATC AGC ATC CTG ATG AAG GAC TTG GCA GAT GAA CTT ACC CTT GTT GAT GTT GTG GAG GAC AAG CTG AAA GGA GAA ATG CTT GAT CTC CAG CAT GGC AGC CTC TTC CTC AAA ACA CCA AAG ATT ATA TCT GGC AAA GAT TAC AGC GTG ACT GCA CAC TCC AAG CTG GTC ATT GTC ACT GCT GGT GCC CGT CAG CAA GAA GGA GAA AGC CGT CTT AAC TTG GTC CAA CGC AAT GTC AAT ATC TTC AAA TTC ATC ATT CCC AAT GTT GTG AAA TAC AGT CCT GAC TGC AAG CTG CTG ATT GTC TCA AAC CCA GTG GAT ATT TTG ACC TAT GTG GCC TGG AAG ATC AGT GGC TTT CCT AAA CAC CGT GTT ATC GGT AGT GGC TGC AAT CTG GAC TCA GCC CGT TTC CGC CAC CTC ATG GGA GAA AGA CTG GGC ATC CAT CCT CTG AGC TGC CAT GGG TGG ATT GTT GGA GAG CAT GGA GAC TCC AGT GTG CCT GTC TGG AGC GGA GTG AAT GTT GCT GGT GTC TCC CTG AAG GCT CTT CAT CCA GAC ATG GGA ACT GAT GCA GAC AAG GAG CAC TGG AAG GAG GTT CAC AAG CAG GTG GTG GAC AGT GCC TAT GAG GTC ATC AAA CTG AAG GGT TAC ACA TCA TGG GCT ATT GGC CTT TCT GTG GCA GAT CTA GCT GAA ACT ATC ATG AAG AAC TTA AGA AGA GTG CAC CCA ATC TCT ACA GCT GTT AAG GGC ATG CAC GGA ATA AAA GAT GAT GTC TTC CTA AGT GTT CCT TGT GTA CTG GGC AGC AGT GGC ATC ACT GAT GTA GTG AAG ATG ATC CTA AAA CCT GAT GAA GAG GAG AAA ATA AAG AAG AGC GCA GAT ACA CTC TGG GGA ATT CAG AAA GAA CTA CAG TTT U28410OG2 ATG TCT --- CTC AAG GAG AAG CTG ATC GTA AAT GTT CAC AAA GAA GAG CAG CCC CAT GCC CAC AAC AAG ATC ACT GTG GTT GGG GTT GGT GCA GTT GGC ATG GCT TGT GCC ATA AGT ATT TTG ATG AAG GAC TTG GCT GAT GAA CTT GCC CTT GTT GAT GTC ATA GAG GAC AAG CTG AAA GGG GAA ATG CTG GAC CTC CAG CAT GGA AGC CTC TTT CTC AGG ACA CCA AAG ATT GTT TCT GGC AAA GAC TAT GCT GTG ACT GCA CAC TCC AAG CTG GTC ATC ATC ACT GCT GGA GCA CGC CAG CAA GAA GGT GAA TCT CGC CTC AAC TTG GTT CAG CGC AAT GTG AAC ATC TTC AAA TTC ATC ATT CCT AAT GTT GTC AAG TAC AGT CCC GAC TGC AAG CTG CTT GTT GTT TCC AAT CCA GTG GAT ATT CTG ACC TAC GTG GCA TGG AAG ATC AGT GGC TTT CCT AAG CAC CGT GTT ATT GGA AGT GGT TGC AAT CTG GAC TCT GCC CGT TTC CGC CAC CTG ATG GCT GAA AAG TTG GGG ATC CAC CCT CTC AGC TGC CAT GGC TGG ATT GTT GGG GAG CAT GGA GAC TCC AGC GTG CCT GTC TGG AGT GGT GTG AAT GTT GCT GGC GTC TCT CTG AAA GGC TTA CAT CCT GAC ATG GGG ACT GAT GGT GAC AAG GAG AAC TGG AAA CAG GTC CAC AAG CAA GTG GTA GAC AGT GCT TAT GAG GTT ATC AAG CTG AAG GGG TAC ACA TCC TGG GCA ATT GGT CTC TCT GTG GCT GAT CTA GCT GAA ACC ATC ATG AAA AAT TTA CGA AGA GTA CAT CCA GTT TCT ACA ATG GTA AAG GGC ATG CAC GGA ATT AAC GAT GAT GTC TTC CTG AGT GTT CCT TGT GTC CTG GGC TAC TCA GGA ATT ACA GAT GTT GTG AAA ATG ACT CTG AAG AGT GAG GAG GAA GAT AAA TTG AGG AAG AGT GCA GAT ACA CTC TGG GGA ATC CAG AAG GAG CTT CAG TTT Printing out site pattern counts 12 963 P X02152Hom --- AAA AAA AAA AAA AAA AAA AAA AAA AAA AAC AAC AAC AAC AAC AAG AAG AAG AAG AAG AAG AAG AAG AAG AAG AAG AAG AAG AAG AAG AAG AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT ACA ACA ACA ACA ACC ACC ACC ACG ACT ACT ACT ACT ACT ACT AGA AGC AGC AGC AGC AGG AGG AGT AGT AGT AGT AGT AGT AGT AGT AGT ATA ATA ATA ATA ATC ATC ATC ATC ATC ATC ATC ATC ATC ATG ATG ATG ATG ATG ATG ATG ATG ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT CAA CAA CAA CAA CAC CAC CAC CAC CAG CAG CAG CAG CAG CAG CAG CAG CAT CAT CAT CCA CCA CCA CCA CCA CCC CCC CCG CCT CCT CCT CGA CGG CGT CGT CGT CGT CGT CGT CTA CTA CTC CTC CTC CTG CTG CTG CTG CTG CTG CTG CTG CTG CTT CTT CTT CTT CTT CTT CTT CTT CTT CTT CTT CTT CTT GAA GAA GAA GAA GAA GAA GAA GAA GAA GAC GAC GAC GAC GAG GAG GAG GAG GAG GAG GAG GAG GAG GAT GAT GAT GAT GAT GAT GAT GAT GAT GAT GAT GAT GAT GCA GCA GCA GCA GCA GCA GCA GCC GCC GCC GCC GCT GCT GCT GCT GCT GCT GCT GGA GGA GGA GGA GGA GGA GGA GGA GGA GGA GGC GGC GGC GGC GGG GGG GGG GGG GGG GGG GGG GGT GGT GGT GGT GGT GTA GTA GTA GTA GTC GTC GTC GTC GTC GTC GTC GTG GTG GTG GTG GTG GTG GTG GTG GTT GTT GTT GTT GTT GTT GTT GTT GTT GTT GTT GTT GTT GTT TAC TAC TAC TAC TAC TAT TAT TAT TCA TCA TCA TCC TCC TCC TCC TCT TCT TCT TCT TGC TGC TGG TGT TGT TTA TTA TTA TTC TTC TTC TTC TTG TTG TTG TTG TTG TTG TTG TTG TTT TTT TTT U07178Sus --- AAA AAA AAA AAA AAA AAA AAA AAA GCA AAC AAC AAC AAC AAT AAA AAA AAA AAA AAA AAG AAG AAG AAG AAG AAG AAG AAG AAG AAG AGG AAC AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT ACA ACA ACC ACG ACC ACC GTT ACA AAT ACT ACT ACT ACT ACT AGG AGC AGC AGC AGC AGG AGG AGC AGT AGT AGT AGT AGT AGT AGT AGT ATA ATA ATA ATC ATC ATC ATC ATC ATC ATC ATC ATC ATG ATG ATG ATG ATG ATG ATG ATG GTA ATC ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT GTT GTT CAA CAA CAA CAG CAC CAC CAC CAT CAC CAC CAG CAG CAG CAG CAG CAT CAT CAT CAT CCA CCA CCC CCG CCT CCC CCC CCA CCT CCT CCT CGG CGG CAT CGT CGT CGT CGT CGT CTC CTT CTA CTG CTG CTA CTG CTG CTG CTG CTG CTG CTG TTG ATT CTC CTC CTT CTT CTT CTT CTT CTT CTT CTT CTT GTT GAA GAA GAA GAA GAA GAA GAA GAG GAG GAA GAC GAC GAT GAA GAC GAG GAG GAG GAG GAG GAG GCG GAA GAC GAG GAT GAT GAT GAT GAT GAT GAT GAT GAT GAT GCA GCA GCA GCA GCA GCA GCG GCC GCC GCT GCT GCC GCT GCT GCT GCT GCT GCT GGA GGA GGA GGA GGA GGA GGA GGA GGA GGG GGC GGC GGC GGC GGC GGG GGG GGG GGG GGG GGT GGC GGT GGT GGT GGT GTA GTG GTG GTT ATC GTC GTC GTC GTC GTC GTT GTG GTG GTG GTG GTG GTG GTG GTG ATT ATT GTG GTT GTT GTT GTT GTT GTT GTT GTT GTT GTT GTT TAC TAC TAC TAT TAT CAC TAT TAT TCA TCA TCC TCC TCC TCT TCT CCT TCC TCT TCT TGC TGC TGG TGT TGT CTA TTA TTA TTC TTC TTC TTC CTG CTG TTG TTG TTG TTG TTG TTG TTT TTT TTT NM017025Rat --- AAA AAA AAA AAA AAG AAG AAG AAG GCA AAC AAC AAC CAG AAC AAA AAG AAG AAG AAG AAA AAG AAG AAG AAG AAG AAG AAG AAG AAG AAG AGT AAC AAC AAC AAC AAT AAT AAT AAT AAT ACA ACC ACA ACA ACC ACC GTC ACC TCT ACA ACG ACT ACT GCC AAG AGC AGC AGC AGT AGG AGG AGT AGC AGC AGC AGT AGT AGT AGT AGT ATA ATC ATC ATC ATC ATC ATC ATC ATC ATC ATC ATC ATA ATG ATG ATG ATG ATG ATG ATG GTG ATC ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATC ATT CAA CAG CAG CAG AAC CAC CAT CAT CAG CAG CAA CAG CAG CAG CAG CAG CAC CAT CAT CCA CCA CCA CCC CCG CCC CCC CCA CCA CCA CCT CGG CGG CGC AGA CGA CGG CGT CGT CTC CTT CTC CTG CTT CTG CTG CTG CTG CTG CTG CTG CTG CTG CTT CTC CTT CTC CTC CTC CTC CTG CTT CTT CTT CTT GTT GAA GAA GAA GAG GAG GAG GAG GAA GAG GAC GAT GAT GAT GAG GAC GAA GAC GAG GAG GAG GAG GAT CAG GAC GAG GAC GAC GAC GAT GAT GAT GAT GAT GAT GAT GCA GCA GCA GCA GCC GCC GCT GCC GCT GCC GCT GCC GCA GCC GCC GCG GCT GCT GGA GGA GGA GGA GGA GGA GGC GGC GGT GGA AGC GGC GGC GGT GGC GGA GGA GGA GGG GGG GGG GGC GGC GGT GGT GGT GTG GTG GTG GTG GTC GTC GTC GTC GTC GTC GTC GTG GTG GTG GTG GTG GTG GTG GTG ATT GTT GTT GTC GTC GTC GTG GTT GTT GTT GTT GTT GTT GTT TAC TAC TAC TAC TAT GTG TAC TAT TCA TCG TCA TCC TCC TCC TCC CCT TCC TCC TCC TGC TGT TGG TGT TGT CTG CTG TTA TTC TTC TTC TTC CTA TTG CTG CTG CTG TTG TTG TTG TTC TTC TTC U13687Mus --- AAA AAA AAA AAG AAA AAG AAG AAG GCA AAC AAC AAC CAC AAC AAA AAG AAG AAG AAT AAG AAA AAG AAG AAG AAG AAG AAG AAG AAG AAG TGT AAC AAC AAT AAT AAC AAC AAT AAT AAT ACA ACC ACA ACA ACC ACC GCT ACC TCT ACA ACT ACT ACT ACC AAA AGC AGC AGC AGT AGG AGG AGT AGC AGT AGT AGC AGT AGT AGT AGT ATA ATC ATC ATC ATC ATC ATC ATC ATC ATC ATC ATC ATG ATG ATG ATG ATG ATG ATG ATG GTG ATC ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATC ATT CAA CAG CAG CAG AAC CAC CAC CAT CAG CAG CAA CAG CAG CAG CAG CAG CAC CAT CAT CCA CCA GCG CCC CCA CCC CCC CCA CCA CCC CCT CGG CGG CGC CGA CGA CGG CGT CGT CTC CTT CTC CTG CTC CTG CTG CTG CTG CTG CTG CTG CTT CTG CTT CTC CTT CTC CTC CTC CTG CTG CTC CTT CTT CTT GTT GAA GAA GAG GAA GAG GAG GAG GAG GAA GAC GAC GAC GAT GAG GAC GAG GAG GAG GAG GAG GAG GAG GAA GAC GAG GAC GAC GAC GAC GAC GAC GAT GAT GAT GAT GCA GCA GCA GCG GCC GCT GCG GCC GCG GCC GCT GCC GCC GCC GCC GCG GCT GCT GGA GGA GGA GGC GGG GGG GGC GGC GGT GGA AGC GGC GGC GGT GGC GGA GGA GGA GGC GGG GGG GGC GGC GGT GGT GGT GTC GTA GTG GTG GTC GTC GTC GTC GTC GTC GTC GTG GTG GTG GTG GTG GTG GTG GTG ATT ATT GTG GTC GTC GTT GTT GTA GTT GTT GTT GTT GTT GTT TAC TAC TAC TAC TAT GTG TAC TAC TCG TCA TCC TCC TCC TCC TCC CCT TCC TCC TCT TGC TGT TGG TGT TGT CTG CTG TTA TTC TTC TTC TTC CTC TTG CTG CTG CTG CTG TTG TTG TTC TTC TTT M22585rab --- AAA AAG AAG AAG AAA AAA AAA AAG GCA AAC AAC AAC CAC AAC AAA AAA AAA AAG AAG AAG AAG AAG AAG AAG AAG AAG AAG AAG AAG AAG AGT AAT AAT AAC AAT AAC AAT AAC AAC AAT ACG ACG ACC ACT ACC ACC GTC ACG ACT ACT ACC ACC ACG GCT AGA AGC AGC AGC AGC AGG AGG AGC AGC AGT AGT AGC AGT AGT AGT AGT ATA ATA ATA ATC ATC ATC ATC ATC ATC ATC ATC ATC ATG ATG ATG ATG ATG ATG ATG ATG ATG GTC ATC ATT ATT ATT ATT ATT CTT GTT ATC CAA CAG CAG CAA CAC CAC CAC CAT CAA CAG CAA CAA CAG CAG CAG CAT CAC CAT CAT CCA CCC GCG CCG CCA CCC CCC CCC CCT CCC CCT CGC AGG CAC CGT CGT CGT CGG CGT CTC CTG CTG CTG CTC CTG CTA CTG CTG CTG CTG CTG CTG CTG CTT CTC CTT CTG CTG CTT CTT CTG CTT CTC CTT CTT GTT GAA GAA GAA GAA GAA GAA GAA GAA GAG GAC GAC GAT GAC GAG GAC GAG GAA GAG GAG GAG GAG CAA GAG GAT GAG GAC GAT GAT GAC GAT GAT GAT GAT GAT GAT GCA GCA GCG GCC GCA GCA GCG GCC GCC GCC GCC GCC GCT GCT GCT GCT GCC GCT GGA GGA GGG GGA GGA GGA GGA GGA GGC GGA GGC GGC GGC GGC GGC GGA GGC GGG GGC GGG GGG GGC GGT GGG GGT GGT GTC GTG GTG GTG ATC GTC GTC GTC GTC GTC GTG GTG GTG GTG GTG GTG GTG GTG GTG ATT GTT GTA GTT GTT GTT GTG GTG GTG GTG GTT GTT GTT GTT TAC TAC TAC TAT TAT CAC TAT TAC TCA TCA TCC ACC TCC TCA TCC TCT TCC TCT TCT TGC TGC TGG TGT TGT CTG TTA TTA TTC TTC TTC TTC CTG CTG CTG TTG TTG TTG CTG TTG TTC TTT TTT AF070995C --- GCA AAA AAG CAA AAA AAA AAA CGG TCA AAC ACT GCT GAC AAC AAG AAC AAG AAA AAG AAA AAG AAG AAG AAG AAG AAG AGG CAA CAA AAA AGT AAT TGT AAC AAC GAC GGC AAC AAC AAC ACT ACA ACT ACA ACA ACT ACC ACA TCA AAC AGC AAT TCT ACC AAC ACA AGT AGT AGT AAG AGG AGT TCA AGC AGT AGT AGT AGT AGT AGT ATC ATA ATA ATC ATC ATC ATC ATC ATT ATT CTC GTC GAT ACG ATG ATT CTG CTG CTG CTG GTG ATC ATC ATT ATT ATT ATT GTT GTT ATC ATC AAG AAA CTG CAA AAC CAC CAC CAT CGG CAC CAA CAA CAG CAG CAG AAA CAC CAC CAT CCA TCA CCT CCC CCA CCT TCC CCT CCT CCT CCC CGT AGG CTT CGT CGT CGC AGG CGT GTC ACT CTG CTG CTT TTG CTG CTA CTC CTG TTA TTG CTG CTA CTG TTA CTT CTC CTT CTC CTG CTT CTT CTT CTA TTC ATT ACC GAA GAG GAG GAA GAA GAG GAT GAA GAT GAT GAC GAC AGA GAG GAG GAG GAC GAG GAG GTG AAG GCG GAC GAA GAC GAG GAT GAA GAC GAC GAA GAT GAT GAT ACA TCC GCG GCC GCT GCA GCC GCT GCC GCC GCG GCT GGC GCC GCT GCC GTC AAT GGA GGA GGC GGA GGG GGT GGG GGT GGT GAG GGA GGC GGC GGC GGA AAC GGA GGA GGC GGA GGT GGC GGC GGC GGC GGG GTG GTG TTA GTG GTT ACT ATC GTA GTC GTC GTT GTC GTG GTG GTG GTG GTG GTG GTT GTT TTA GTG ATT GTC GTT ATC GTA GTC GTG GTC GTG GTT GTT CAT TAC TAT TAT TAT CAG TAT TAC ACA TCT TCA TCT TCC TCT TCC CCC CTT TCT TCC TGT TGT TGG TGC TGT ACA TTA TTA TCC TTC TTC TTT CTG CTG CTC ATG TTG CTG TTG TTG ATG TTG CTG U95378Sus --- GCA AAA AAG CAA AAA AAA AAA AAG TCA AAC ACT AAT GAC AAT AAG AAA AAA AAA AAA AAG AAG AAA AAG AAG AAG AAG AAG AAG GAA AAA AGT AAT AGT AAT AAT GCC ACC AAT AAT AAT ACC ACG ACT ACC ACT ACC GTC ACA ACT AAC ACT AAT TCT ACT AAT AGT AGC AGT AGT AAA AGG AGT TCA AGC AGT AGT AGT AGT AGT TGT ATT ATA TTA ATC ATC ATC GTC GTC ATT ATT ATC GTC GCA ACA ATG ATT ATG ATG TTG TTG GTA GTC ATC ATT ATT ATT ATT ATT GTT ATT ATT CAG ACG CAG CAA GAT CAT CAT CAT CAG CAG CGA CAA CAG CAG CAG GAA CAT CAT CAT CCG TCA CCC CCA CCT CCT TCC CCT CCT CCT CCT CGT AGA CTT CGT CGT CGC CGG CGT GTC ATT CTG CTG CTT CTA TTG CTT TTG CTG ATT TTG CTT CTA CTT TTA CTT CTT CTT CTC CTT ATT CTT CTT CTA TTC ATT GTG GAA AAG GAG GAA GAG GAC GAT GAA GAT GAT GAC GAT GGA GGA GAG GAG GAC GAA GAG GAG AAT AAG GAC GAA GAC GAG GAT AAC GAT GAT GAA GAC GAT GAT ACA TCA GCA GCA GCA GTA GCT GCT GCC GCC GCT GCT GCC GCC GCT GCA GCT GCT GGA GGG GGT GGA GGA GGT GGA GGT GGA GGA GGA GGC GGC GGG GGA AAT GGA GGA GGT GGA GGT GGC GGT GGC GGT GGT GTC GTA TTA GTG ATT GTT ATC GTT GTC GTC GTT ATT GTG GTG GTG GTT GTT GTT GTG GTT ATA ATT ATC GTT GTT ATC GTA GTA GTT GTA ATT ACC GTT CAT TAC TAT TAC TAC GAG TAT TAC TCA TCT TCA TCT TCT TCT TCC GCT GCT TCT TCT TGT TGT TGG TGT TGT ACA TTA TTA TCA TTC TTC TTT CTG CTG TTC ATG TTG CTG TTG TTG ATG TTT TTA X04752Mus --- GTA AAA AAG CAA AAA AAA AAA AAC TCA AAC GGC GCT GAC AAT AAA AAG AAG AAA AAG AAA AAG AAG AAG AAG AAG AGG AAG AAG CCG AAA AAT AAT TGT AAC AAC GAC GGC AAC AAC AGT ACT ACA ACT ACC ACG ACA CTT ACA TCA AAC ACT ACC TCT ACC AGC ACT AGC AGT AGT AAG AAG AGT TCC AGT AGC AGT AGT AGT GGC AGT ATC ATA ATA ATC ATT ATT ATC ATC ATT ATT CTT ATG GAT GCA ATG ATT CTG CTG CTG TTG GTA GTC ATT ATC ATC ATC ATT GTT GTT ATC ATT GTG CAG CTG CAG AAC CAC AAC CAT CGG CAC CAA CAG ATG CAA CAG AAA CAC CAT CAC CCA CCA CCT CCT CCA CCT TCC CCG CCT CCG CCC CGT AGA CTC CGT CGT CGC AGA CGT GTC GTT CTG ATG CTT CTG ATG CTG CTG CTG CTG CTG CTG CTA CTT TTC CTT CTC CTT CTC ATT CTT CTT CTT CTA CTT TTT ACG GAA GAG GAG GAA GAA GAA GAT GAA GGT GAT AAC GAC CGA GAA GAG GAG GAT GAG GAG TCT AAT GCA GAC GAA GAT GAG GAT GAC GAC GAC GAG GAC GAT GAT ACT TCC GCG GCC GCA GCG GCT GCT GCA GGT GCG GCT GGC GCC GCT GCT GTT AAT GGA GGA GGT GGA GGA GGT GGG GGG GGT GGG GGA GGC GGC GGC GGA AAT GGA GGG GGC GGA GGT GGC GGC GGC GGC GGA GTC GTA ATA GTG GTT GCT GTC GTA CTC GTC GTT GTC GTG GTG GTG GTC GTG GTG GTC GTT ATT GTG ATC GTC GTT GTT GTG GTG GTC GTC GTG GTT GTT AAC TAC TAT TAC CAT CAG TAT TAC ACA TCA ACT TCT ACC TCC TCC GCT ACT TTT TCT TGT TGT TGG TGC TGT ACA ATA TTA GCC TTC TTT TTC CTG CTG CTC ATA TTG CTG TTG TTG ATG TTA TTC U07177Rat --- GTA AAA AAG CAA AAA AAA AAA AAC TCC AAC AGC ACA GAC AAT AAA AAG AAA AAA AAG AAA AAG AAG AAG AAG AAG AAG AAG AAG CCA AAA AGT AAT TGT AAC AAC GCC GGC AAC AAC AGT ACT ATA ACT ACC ACG ACA CAA ACT TCA AAC TCC AAC TCT ACT AGC TCT AGC AGC AGT AAG AAG AGT TCA AGT AGT AGT AGT AGT GGT AGT ATC ATA ATA TCT ATC ATT ATC ATC ATT ATT CTT ATC GAT GCA ATG ATT CTG CTG CTG TTG GTG GTC ATC ATC ATT ATT ATT GTT GTT ATT ATT GTG CAA CTG CAG AAC CAC AAC CAT CGG CAG CAA CAG ATG CAA CAG AAA CAT CAT CAT CCA CCA CCT GCT CCA CCT TCC CCG CCG CCC CCC CGT AGG CTT AGT CGT CGT AGA CGT GTC GCT CTG CTG CTT CTG ATG CTA CTG CTG CTG CTG CTG CTA CTT TTA CTT CTC CTT CTC ATG CTT CTT CTT CTA CTC CTT GAG GAT GAG GAG GAA GAA GAA GAA GAA GGT GAT AAC GAC GCA GAT GAG GAG GAT GAG GAA AGT ACC GCA GAC GAA GAT GAG GAT GAC GAC GAT GAA GAC GAT GAT ACT TCC TGC GCC GCA GCT GCT GCC GCT GCT GCG GCC GGC GCC GCT GCT GTT AAT GGA GGA GGC GGA GGA GGT GCG GGG GGT GGG GGA GGC GGC GGC GGA AAC GGA GGA GGC GGA GGT GGC GGC GGC GGC GGA ATC GTA ATA GTG GTT GCT ATC GTA CTC GTC GTT GTC GTC GTG GTG GTC GTG GTG GTC GTT GTA GTG ATC GTC ATT GTT GTG GTG GTC GTC GTG GTT GTT AAC TAC TAT TAC TAT CAG TAT TAC ACA TCC ACA TCT ACT TCC TCC ACC ACT TTT TCT TGT TGT TGG TGC TGT TCG ATA TTA GCC TTC TTC TTC CTG ATC TTT ATA TTG CTG TTG CTG ATG TTA CTC U13680Hom --- GTA AAA AAG CAT AAA AAA AAA AAG TCA AAC ACT GCT GAT AAT AAG AAA AAG AAA AAA AAA AAG AAA AAA AAG AAG AAG AAG AAG GAG AGA AGT AAT TGT AAT AAT GCC GCC AAG AAT AAT ACT ACA ACT ACC ACC ACA AAC ACA ACT AAC ACG AAT TCT ACT AGT ACT AGC AGT AGT AAG AGG AGT TCC AGT AGT AGT AGT AGT AGT AGT ATT ATA ATA ATA ATC ATC GTC GTC ATT ATT ATC ATT GCA ATG ATG ATT ATG ATG CTG TTG GTG GTC ATT ATT ATT ATT ATT ATT GTT GTT ATT CAG ATA CAG CAA GAC CAT CAC CAC CAG CAC CGG CAA CAG CAA CAG GAA CAT CAT CAT CCA TCA CCC CCA CCT CCT TCC CCT CCT CCT CCC CGT AGA CTT CGT CGT CGC AGG CGT GTC ATT CTG CTG CTT CTA TTG CTA CTA CTG ATA TTG CTG CTA CTT TTA CTT CTT CTT CTC CTT ATT CTT CTT CTA TTT GTT TTG GAT GAA GAG GAA GAA GAA GAT GAA GAT GAT GAC GAT GGA CAA GAA GAG GAT GAA GAG GAG AAT AAA GAT GAA GAT GAG GAT GAA GAT GAT GAA GAC GAT GAT ATG TCA GCA GCA GCA GTA GCT GCT GCC GCC GCT GCT GCC GCC GCT GCA GTC GCC GGA GGG GGT GGA GGA GGT GGA GGT GGG GGA GGA GGC GGC GGG GGA AAT GGA GGA GGT GGA GGT GGC GGT GGA GGT GGT GTC GTA TTA GTG ATT GTT CTC GTT GTC ACT GTT ATT GTG GTG GTG ATT ATA GTT GTG GTT ATA ATT ATC GTT GTT ATC GTA GTA GTT GTC ATT ACT GTT TAT TAC TAT TAT TAT GAG TAT TAC TCA TCT TCA TCT TCC TCT TCC TCT GCT TCT TCT TGT TGT TGG TGC TGT ACA TTA TTA TCA TTC TTC TTT CTG CTG TTC ATT TTG CTG TTG TTG ATG TTT TTA X53828OG1 CAT AAA AAA AAG AAA AAG AAA AAG AAA GCA CAC CAC AAT GAC AAT AAG AAG AAA AAG AAA AAG AAG AAG AAG AAG AAG AAA AAG AAG AAA AAG AGC AAC AAC AAT AAC AAC AAT AAT AAT AGT AGC ACA ACA ACA ACA ACC GCT ACT GCT ATC ACT AAA ACT --- AAA AGC AGC AGC AGT AGA AGA AGC ACT AGT AGT AGC AGT AGT AGT AGC ATC ATA ATC ATC ATC ATC ATC GTC ATC ATT ATC ATT GTG ATG ATG ATG CTT GCT ATG ATG GTG GTA ATC ATT ATC ATT ATC ATT GTT ATT ATT CAA CAG CAG CAG CAT CAC CAT CAC CAC CAC AGC CAG CAG CAA CAT CAC CAT CAT CAT CCA CCA CCT CCA CCA CCT GCC CCT CCT CCC CCT CGT AGA AAA CGT CGC CGT CGT CGC CTC CAC CTT CTG CTC CTC CTA CTC CTA CTG CTG CTG CTT CTG CTT ATG CTT CTC CTT CTA CTG GTT CTC TTA GTC CTC GTA GAG GAG GAA GAA GAA GAA GAG GAG GAG GAC GAT GAC GAT GAA GAC GAG GAT GAA GAA GAG GAA GAG GAC GAC GAT GAC GAT GAT GAT GAT GAT GAT GAC GAT GAT GCA TCT GCA GCA GCC GCT GCA GCC GCC GAG GCT GCT GCC ACC GCT GCT GCC GCA GGT GGC GGC GGA GGA GGC GGC GGA GGA GGA GGC GGA GGC GGT GGA GGA GGA GGA GGG GGT GGT GGC GGT GGC GGC GGT GTG GTG GTC GTG ATT GTT GTC GTC GTC ATA GTC GTC GTG GTG GTG ATG GTG GTG GTC ATC GTT GTG GTT GTC GTT GTT GTT GTT GTT ATC GTG GTG GTT TAC CAC TAC TAT CAC CAC TAT TAC ACT TCA TCA TCA TCT TCC TCC CCT TCC TCT TCT TGC TGT TGG TGC TGT CTG ATG CTG TTC TTC TTC TTC CTG CTA ATA CTG CTG TTG TTG TTG TTC TTT TTT U28410OG2 CAT AAG AAA AAG AAG AAG AAA AAA AAG GGT CAC CAC AAC GAC AAT AAG AAG AAG AAA AAC AAG AAG AAA AAG AAA AAG AAA AGG AAG AAA AAG GCT AAT AAC AAT AAT AAC AAT AAT AAT TCA ACT ACA ACA ACA ACA ACC CCC ACT GGC ACT ACT AAG ACT --- AGG TCT AGC AGC AGT AAG CGA AGT ACC AGT AGT AGT AGC AGT AGT AGT ATC ATT ATC ATC ATC ATT ATT ATC ATA ATT ATC ATC ATA ATG ATG ATG CTG ATG ATG ATG GTG GTC ATC ATT ATT ATT ATC ATT GTA GTT ATC CAA CAG CAG CAG CAT CAC CAC CAT CAC AAC TAC CAA CAG CAG AAG CAG CAT CAT CAT CCA CCA CCT CCA CCT CCT GCC CCC CCT CCT CCT CGT AGA AAA CGT CGC CGC CGC CGC CTC CAC CTC CTG CTC CTG CTG CTG CTT CTG CTG TTG TTA CTG CTT ATG CTT CTC CTC CTG CTT GTT CTC TTA GTT CTC GTT GAG GAA GAA GAG GAA GAA GAG GAG GAG GAC GAC GAC GAT GAA GAC GAG GAG GAG GAA GAA GAA CAG GAC GAC GAT GAC GAG GAT GAT GAT GAT GAT GAC GAC GAT GCT TCT GCA GCA GCA GCT GCT GCC GCC GAT GCT GCA GCT GCC GCT GCT GCA GCA GGA GGC GGA GGG GGT GGG GGT GGA GGT GGA GGC GGC GGA GGG GGG GGA GGG GCT GGC GGG GGA GGC GGC GGC GGT GGT GTC GTG GTC GTG ATT GTC GTC GTC GTT GTT GTC GTT GTG GTA GTG ATG GTG GTG GTG GTT GTT GTA GTT GTT GTT GTC GTT GTT GTT ATC GTG GTT GTT TAC CAC TAC TAC CAC GTA TAT TAT ACA TCT TCC TCC TCT TCC TCC AGT TCT TCT TCT TGC TGT TGG TGC TGT CTC ATG TTG TTC TTT TTC TTC CTG CTA TTG CTG CTG TTG CTG TTG TTC TTT TTT 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 4 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 1 6 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 CODONML (in paml version 4.4, January 2010) seqfile.txt Model: One dN/dS ratio for branches Codon frequency model: F3x4 ns = 12 ls = 333 Codon usage in sequences -------------------------------------------------------------------------------------------------------------- Phe TTT 3 3 0 1 2 1 | Ser TCT 4 4 1 2 3 5 | Tyr TAT 3 4 2 1 3 4 | Cys TGT 2 2 3 4 2 5 TTC 4 4 7 6 5 3 | TCC 4 4 7 7 4 6 | TAC 5 3 5 6 4 2 | TGC 3 3 2 2 3 1 Leu TTA 3 2 1 1 2 6 | TCA 3 2 2 1 3 5 | *** TAA 0 0 0 0 0 0 | *** TGA 0 0 0 0 0 0 TTG 8 7 4 3 4 6 | TCG 0 0 1 1 0 0 | TAG 0 0 0 0 0 0 | Trp TGG 6 6 6 6 6 6 -------------------------------------------------------------------------------------------------------------- Leu CTT 13 10 8 7 8 8 | Pro CCT 3 5 2 2 2 5 | His CAT 3 6 4 3 4 3 | Arg CGT 6 5 2 2 4 4 CTC 3 3 7 9 4 5 | CCC 2 3 3 4 5 3 | CAC 4 6 2 4 7 5 | CGC 0 0 1 1 1 1 CTA 2 3 1 0 1 3 | CCA 5 3 6 5 2 2 | Gln CAA 4 3 2 2 6 6 | CGA 1 0 1 2 0 0 CTG 9 11 16 17 19 16 | CCG 1 1 1 0 1 0 | CAG 8 6 12 10 6 4 | CGG 1 2 3 3 1 2 -------------------------------------------------------------------------------------------------------------- Ile ATT 10 10 9 10 6 9 | Thr ACT 6 5 2 3 3 6 | Asn AAT 10 11 5 6 5 3 | Ser AGT 9 8 8 8 7 11 ATC 9 11 13 13 12 12 | ACC 3 3 4 5 6 3 | AAC 5 5 9 9 8 12 | AGC 4 5 7 6 7 2 ATA 4 3 2 1 3 2 | ACA 4 3 4 4 0 8 | Lys AAA 9 13 6 7 7 9 | Arg AGA 1 0 1 0 1 1 Met ATG 9 9 8 9 10 4 | ACG 1 1 1 0 4 1 | AAG 19 13 22 20 20 16 | AGG 2 4 2 2 3 4 -------------------------------------------------------------------------------------------------------------- Val GTT 14 17 10 9 10 9 | Ala GCT 7 8 5 5 6 5 | Asp GAT 14 12 12 6 11 9 | Gly GGT 5 5 5 5 3 4 GTC 7 5 11 10 8 9 | GCC 4 3 8 7 7 6 | GAC 4 4 7 11 6 9 | GGC 4 6 7 9 9 11 GTA 4 2 0 2 1 2 | GCA 7 7 6 4 5 2 | Glu GAA 9 10 5 5 9 7 | GGA 10 9 10 7 9 8 GTG 9 12 16 14 17 15 | GCG 0 2 1 5 3 3 | GAG 9 9 11 14 9 10 | GGG 7 6 3 4 5 3 -------------------------------------------------------------------------------------------------------------- -------------------------------------------------------------------------------------------------------------- Phe TTT 2 3 2 3 2 3 | Ser TCT 7 4 5 7 4 7 | Tyr TAT 2 2 3 5 2 2 | Cys TGT 6 5 5 5 2 2 TTC 4 4 3 3 5 4 | TCC 2 5 7 4 3 4 | TAC 4 3 3 2 3 4 | TGC 0 1 2 1 3 3 Leu TTA 6 2 3 5 1 2 | TCA 7 3 2 6 3 1 | *** TAA 0 0 0 0 0 0 | *** TGA 0 0 0 0 0 0 TTG 8 4 3 7 3 5 | TCG 0 0 1 0 0 0 | TAG 0 0 0 0 0 0 | Trp TGG 6 6 6 6 6 6 -------------------------------------------------------------------------------------------------------------- Leu CTT 11 10 10 9 6 4 | Pro CCT 6 4 2 5 6 6 | His CAT 7 3 4 5 7 6 | Arg CGT 4 4 4 4 4 2 CTC 1 5 5 2 7 8 | CCC 1 1 2 2 1 2 | CAC 0 4 1 3 11 8 | CGC 1 1 0 1 2 4 CTA 3 2 3 5 4 1 | CCA 1 3 4 2 4 3 | Gln CAA 3 3 5 4 2 2 | CGA 1 1 0 0 0 1 CTG 6 15 15 8 11 13 | CCG 1 3 2 0 0 0 | CAG 7 5 5 5 5 7 | CGG 1 1 1 1 0 0 -------------------------------------------------------------------------------------------------------------- Ile ATT 19 10 10 20 8 9 | Thr ACT 6 7 7 8 5 5 | Asn AAT 12 6 3 9 6 7 | Ser AGT 11 9 12 12 7 9 ATC 8 9 11 5 14 11 | ACC 5 4 3 2 2 2 | AAC 3 11 13 3 4 5 | AGC 2 3 4 1 9 3 ATA 2 5 6 7 3 2 | ACA 4 5 4 4 4 5 | Lys AAA 11 9 10 11 12 9 | Arg AGA 1 2 1 2 3 1 Met ATG 6 7 6 7 9 10 | ACG 2 2 1 1 0 0 | AAG 16 16 16 15 18 20 | AGG 1 1 1 2 0 2 -------------------------------------------------------------------------------------------------------------- Val GTT 12 11 9 12 11 17 | Ala GCT 9 8 9 7 8 9 | Asp GAT 11 9 11 15 13 10 | Gly GGT 8 6 5 8 6 6 GTC 9 11 10 8 10 8 | GCC 5 3 6 7 6 4 | GAC 7 8 6 3 8 10 | GGC 4 12 11 3 9 8 GTA 6 4 4 5 2 4 | GCA 6 4 4 5 6 6 | Glu GAA 8 7 8 11 8 8 | GGA 13 9 10 12 10 7 GTG 7 12 12 7 14 10 | GCG 0 3 2 0 0 0 | GAG 8 8 7 7 9 9 | GGG 2 4 2 3 1 6 -------------------------------------------------------------------------------------------------------------- Codon position x base (3x4) table for each sequence. #1: X02152Hom position 1: T:0.14458 C:0.19578 A:0.31627 G:0.34337 position 2: T:0.33434 C:0.16265 A:0.31928 G:0.18373 position 3: T:0.33735 C:0.19578 A:0.19880 G:0.26807 Average T:0.27209 C:0.18474 A:0.27811 G:0.26506 #2: U07178Sus position 1: T:0.13253 C:0.20181 A:0.31325 G:0.35241 position 2: T:0.33735 C:0.16265 A:0.31627 G:0.18373 position 3: T:0.34639 C:0.20482 A:0.18072 G:0.26807 Average T:0.27209 C:0.18976 A:0.27008 G:0.26807 #3: NM017025Rat position 1: T:0.12349 C:0.21386 A:0.31024 G:0.35241 position 2: T:0.34036 C:0.16265 A:0.31325 G:0.18373 position 3: T:0.23494 C:0.30120 A:0.14157 G:0.32229 Average T:0.23293 C:0.22590 A:0.25502 G:0.28614 #4: U13687Mus position 1: T:0.12349 C:0.21386 A:0.31024 G:0.35241 position 2: T:0.33735 C:0.16566 A:0.31325 G:0.18373 position 3: T:0.22289 C:0.32831 A:0.12349 G:0.32530 Average T:0.22791 C:0.23594 A:0.24900 G:0.28715 #5: M22585rab position 1: T:0.12349 C:0.21386 A:0.30723 G:0.35542 position 2: T:0.33735 C:0.16265 A:0.31627 G:0.18373 position 3: T:0.23795 C:0.28916 A:0.14759 G:0.32530 Average T:0.23293 C:0.22189 A:0.25703 G:0.28815 #6: AF070995C position 1: T:0.15060 C:0.20181 A:0.31024 G:0.33735 position 2: T:0.33133 C:0.18072 A:0.29819 G:0.18976 position 3: T:0.27410 C:0.27108 A:0.18373 G:0.27108 Average T:0.25201 C:0.21787 A:0.26406 G:0.26606 #7: U95378Sus position 1: T:0.16265 C:0.16265 A:0.32831 G:0.34639 position 2: T:0.33133 C:0.18675 A:0.29819 G:0.18373 position 3: T:0.40060 C:0.16867 A:0.21687 G:0.21386 Average T:0.29819 C:0.17269 A:0.28112 G:0.24799 #8: X04752Mus position 1: T:0.12651 C:0.19578 A:0.31928 G:0.35843 position 2: T:0.34337 C:0.17771 A:0.28313 G:0.19578 position 3: T:0.30422 C:0.25602 A:0.17771 G:0.26205 Average T:0.25803 C:0.20984 A:0.26004 G:0.27209 #9: U07177Rat position 1: T:0.13554 C:0.18976 A:0.32530 G:0.34940 position 2: T:0.33735 C:0.18373 A:0.28614 G:0.19277 position 3: T:0.30422 C:0.26205 A:0.19277 G:0.24096 Average T:0.25904 C:0.21185 A:0.26807 G:0.26104 #10: U13680Hom position 1: T:0.16265 C:0.16867 A:0.32831 G:0.34036 position 2: T:0.34036 C:0.18072 A:0.29518 G:0.18373 position 3: T:0.40361 C:0.15060 A:0.23795 G:0.20783 Average T:0.30221 C:0.16667 A:0.28715 G:0.24398 #11: X53828OG1 position 1: T:0.11145 C:0.21084 A:0.31325 G:0.36446 position 2: T:0.33133 C:0.15663 A:0.32530 G:0.18675 position 3: T:0.29217 C:0.29217 A:0.18675 G:0.22892 Average T:0.24498 C:0.21988 A:0.27510 G:0.26004 #12: U28410OG2 position 1: T:0.12952 C:0.20181 A:0.30120 G:0.36747 position 2: T:0.33434 C:0.16265 A:0.32229 G:0.18072 position 3: T:0.31325 C:0.26506 A:0.15663 G:0.26506 Average T:0.25904 C:0.20984 A:0.26004 G:0.27108 Sums of codon usage counts ------------------------------------------------------------------------------ Phe F TTT 25 | Ser S TCT 53 | Tyr Y TAT 33 | Cys C TGT 43 TTC 52 | TCC 57 | TAC 44 | TGC 24 Leu L TTA 34 | TCA 38 | *** * TAA 0 | *** * TGA 0 TTG 62 | TCG 3 | TAG 0 | Trp W TGG 72 ------------------------------------------------------------------------------ Leu L CTT 104 | Pro P CCT 48 | His H CAT 55 | Arg R CGT 45 CTC 59 | CCC 29 | CAC 55 | CGC 13 CTA 28 | CCA 40 | Gln Q CAA 42 | CGA 7 CTG 156 | CCG 10 | CAG 80 | CGG 16 ------------------------------------------------------------------------------ Ile I ATT 130 | Thr T ACT 63 | Asn N AAT 83 | Ser S AGT 111 ATC 128 | ACC 42 | AAC 87 | AGC 53 ATA 40 | ACA 49 | Lys K AAA 113 | Arg R AGA 14 Met M ATG 94 | ACG 14 | AAG 211 | AGG 24 ------------------------------------------------------------------------------ Val V GTT 141 | Ala A GCT 86 | Asp D GAT 133 | Gly G GGT 66 GTC 106 | GCC 66 | GAC 83 | GGC 93 GTA 36 | GCA 62 | Glu E GAA 95 | GGA 114 GTG 145 | GCG 19 | GAG 110 | GGG 46 ------------------------------------------------------------------------------ (Ambiguity data are not used in the counts.) Codon position x base (3x4) table, overall position 1: T:0.13554 C:0.19754 A:0.31526 G:0.35166 position 2: T:0.33635 C:0.17043 A:0.30723 G:0.18599 position 3: T:0.30597 C:0.24874 A:0.17871 G:0.26657 Average T:0.25929 C:0.20557 A:0.26707 G:0.26807 Codon frequencies under model, for use in evolver (TTT TTC TTA TTG ... GGG): 0.01427812 0.01160756 0.00833964 0.01243918 0.00723496 0.00588174 0.00422583 0.00630314 0.01304210 0.01060273 0.00000000 0.00000000 0.00789559 0.00641881 0.00000000 0.00687868 0.02080904 0.01691695 0.01215425 0.01812896 0.01054428 0.00857209 0.00615876 0.00918624 0.01900766 0.01545249 0.01110209 0.01655959 0.01150709 0.00935482 0.00672112 0.01002504 0.03320985 0.02699833 0.01939739 0.02893262 0.01682798 0.01368050 0.00982897 0.01466063 0.03033497 0.02466116 0.01771821 0.02642800 0.01836455 0.01492967 0.01072647 0.01599931 0.03704379 0.03011517 0.02163673 0.03227277 0.01877070 0.01525985 0.01096369 0.01635314 0.03383702 0.02750819 0.01976370 0.02947901 0.02048466 0.01665324 0.01196479 0.01784636 Nei & Gojobori 1986. dN/dS (dN, dS) (Pairwise deletion) (Note: This matrix is not used in later ML. analysis. Use runmode = -2 for ML pairwise comparison.) X02152Hom U07178Sus 0.1128 (0.0355 0.3147) NM017025Rat 0.0437 (0.0342 0.7832) 0.0456 (0.0377 0.8252) U13687Mus 0.0412 (0.0328 0.7967) 0.0407 (0.0328 0.8074) 0.0500 (0.0146 0.2920) M22585rab 0.0530 (0.0308 0.5803) 0.0483 (0.0260 0.5385) 0.0354 (0.0315 0.8909) 0.0349 (0.0288 0.8254) AF070995C 0.1058 (0.1602 1.5152) 0.1170 (0.1745 1.4912) 0.1099 (0.1676 1.5255) 0.1053 (0.1599 1.5193) 0.1318 (0.1707 1.2951) U95378Sus 0.1266 (0.1433 1.1318) 0.1464 (0.1487 1.0156) 0.0839 (0.1432 1.7069) 0.0886 (0.1437 1.6214) 0.1033 (0.1444 1.3977) 0.1632 (0.1067 0.6538) X04752Mus 0.1298 (0.1785 1.3750) 0.1545 (0.1846 1.1942) 0.1256 (0.1844 1.4688) 0.1528 (0.1841 1.2045) 0.1412 (0.1839 1.3023) 0.1668 (0.0918 0.5502) 0.1908 (0.1503 0.7880) U07177Rat 0.1508 (0.1938 1.2849) 0.1591 (0.2040 1.2827) 0.1255 (0.1993 1.5887) 0.1409 (0.1990 1.4124) 0.1500 (0.1985 1.3234) 0.2319 (0.1155 0.4982) 0.2088 (0.1661 0.7959) 0.2617 (0.0641 0.2451) U13680Hom 0.1606 (0.1594 0.9928) 0.1695 (0.1616 0.9537) 0.0942 (0.1681 1.7857) 0.0867 (0.1670 1.9271) 0.1163 (0.1603 1.3786) 0.1847 (0.1133 0.6132) 0.2043 (0.0539 0.2637) 0.2327 (0.1505 0.6469) 0.2309 (0.1669 0.7228) X53828OG1 0.0621 (0.0830 1.3361) 0.0648 (0.0779 1.2017) 0.0548 (0.0811 1.4782) 0.0652 (0.0803 1.2326) 0.0469 (0.0759 1.6164) 0.1203 (0.1932 1.6060) 0.1398 (0.1751 1.2522) 0.1382 (0.2075 1.5015) 0.1710 (0.2215 1.2952) 0.1308 (0.1895 1.4487) U28410OG2 0.0690 (0.0845 1.2250) 0.0712 (0.0865 1.2136) 0.0614 (0.0889 1.4478) 0.0630 (0.0845 1.3411) 0.0602 (0.0829 1.3784) 0.1050 (0.1943 1.8505) 0.1538 (0.1870 1.2159) 0.1196 (0.2063 1.7243) 0.1443 (0.2188 1.5166) 0.1421 (0.1902 1.3385) 0.0704 (0.0570 0.8108) TREE # 1: (1, 2, (5, ((3, 4), (((6, (8, 9)), (7, 10)), (11, 12))))); MP score: -1 check convergence.. lnL(ntime: 21 np: 23): -6018.633010 +0.000000 13..1 13..2 13..14 14..5 14..15 15..16 16..3 16..4 15..17 17..18 18..19 19..6 19..20 20..8 20..9 18..21 21..7 21..10 17..22 22..11 22..12 0.165986 0.145030 0.060254 0.252090 0.030239 0.230093 0.133936 0.101768 0.125411 0.692354 0.249468 0.205980 0.294515 0.131299 0.213038 0.174959 0.155890 0.172753 0.321380 0.290395 0.356760 2.401782 0.136656 Note: Branch length is defined as number of nucleotide substitutions per codon (not per neucleotide site). tree length = 4.50360 (1: 0.165986, 2: 0.145030, (5: 0.252090, ((3: 0.133936, 4: 0.101768): 0.230093, (((6: 0.205980, (8: 0.131299, 9: 0.213038): 0.294515): 0.249468, (7: 0.155890, 10: 0.172753): 0.174959): 0.692354, (11: 0.290395, 12: 0.356760): 0.321380): 0.125411): 0.030239): 0.060254); (X02152Hom: 0.165986, U07178Sus: 0.145030, (M22585rab: 0.252090, ((NM017025Rat: 0.133936, U13687Mus: 0.101768): 0.230093, (((AF070995C: 0.205980, (X04752Mus: 0.131299, U07177Rat: 0.213038): 0.294515): 0.249468, (U95378Sus: 0.155890, U13680Hom: 0.172753): 0.174959): 0.692354, (X53828OG1: 0.290395, U28410OG2: 0.356760): 0.321380): 0.125411): 0.030239): 0.060254); Detailed output identifying parameters kappa (ts/tv) = 2.40178 omega (dN/dS) = 0.13666 dN & dS for each branch branch t N S dN/dS dN dS N*dN S*dS 13..1 0.166 729.3 269.7 0.1367 0.0205 0.1497 14.9 40.4 13..2 0.145 729.3 269.7 0.1367 0.0179 0.1308 13.0 35.3 13..14 0.060 729.3 269.7 0.1367 0.0074 0.0543 5.4 14.7 14..5 0.252 729.3 269.7 0.1367 0.0311 0.2273 22.7 61.3 14..15 0.030 729.3 269.7 0.1367 0.0037 0.0273 2.7 7.4 15..16 0.230 729.3 269.7 0.1367 0.0283 0.2075 20.7 55.9 16..3 0.134 729.3 269.7 0.1367 0.0165 0.1208 12.0 32.6 16..4 0.102 729.3 269.7 0.1367 0.0125 0.0918 9.1 24.7 15..17 0.125 729.3 269.7 0.1367 0.0155 0.1131 11.3 30.5 17..18 0.692 729.3 269.7 0.1367 0.0853 0.6242 62.2 168.3 18..19 0.249 729.3 269.7 0.1367 0.0307 0.2249 22.4 60.7 19..6 0.206 729.3 269.7 0.1367 0.0254 0.1857 18.5 50.1 19..20 0.295 729.3 269.7 0.1367 0.0363 0.2655 26.5 71.6 20..8 0.131 729.3 269.7 0.1367 0.0162 0.1184 11.8 31.9 20..9 0.213 729.3 269.7 0.1367 0.0262 0.1921 19.1 51.8 18..21 0.175 729.3 269.7 0.1367 0.0216 0.1577 15.7 42.5 21..7 0.156 729.3 269.7 0.1367 0.0192 0.1406 14.0 37.9 21..10 0.173 729.3 269.7 0.1367 0.0213 0.1558 15.5 42.0 17..22 0.321 729.3 269.7 0.1367 0.0396 0.2898 28.9 78.1 22..11 0.290 729.3 269.7 0.1367 0.0358 0.2618 26.1 70.6 22..12 0.357 729.3 269.7 0.1367 0.0440 0.3217 32.1 86.7 tree length for dN: 0.5549 tree length for dS: 4.0605 Time used: 0:15