gatk --java-options "-Xms4000m -Xmx7g" MarkDuplicates --INPUT SRR7062654.bam --METRICS_FILE SRR7062654.bam.metrics --TMP_DIR . --ASSUME_SORT_ORDER coordinate --CREATE_INDEX true --OUTPUT SRR7062654.md.bam
gatk --java-options "-Xms4000m -Xmx7g" MarkDuplicates --INPUT SRR7062655.bam --METRICS_FILE SRR7062655.bam.metrics --TMP_DIR . --ASSUME_SORT_ORDER coordinate --CREATE_INDEX true --OUTPUT SRR7062655.md.bam