# Gribskov Protein Profile
# Columns are amino acids A->Z
# Last column is indel penalty
# Rows are alignment positions 1->n
Gribskov
Name		mymatrix
Matrix		pprofile
Length		50
Max_score	572.71
Threshold	75
Gap_open	3.00
Gap_extend	0.30
Consensus	LITRKNEPLELGNGIYDRYEYPVLTAEHTPLFWRYDLNEETNPYLMERIG
-0.62 0.00 -7.23 -4.46 -2.62 10.85 -4.31 -1.92 7.54 0.00 -2.62 13.77 11.08 -3.54 0.00 -2.54 -1.00 -3.77 -3.46 0.23 0.00 7.54 4.15 0.00 2.54 0.00 4.55 4.55
-0.15 0.00 -1.69 -3.08 -2.31 7.46 -3.23 -2.69 11.85 0.00 -2.00 10.46 8.54 -3.31 0.00 -2.08 -2.08 -2.92 -2.08 0.92 0.00 10.00 -2.00 0.00 1.31 0.00 4.55 4.55
2.85 0.00 -0.77 2.62 2.69 -3.69 2.23 2.08 -0.54 0.00 3.69 -1.15 0.54 3.38 0.00 2.46 3.46 2.69 3.23 4.23 0.00 -0.23 -1.77 0.00 -3.31 0.00 4.55 4.55
-2.38 0.00 -3.46 0.69 0.69 -5.31 -2.46 4.77 -2.92 0.00 8.23 -3.69 1.85 1.46 0.00 2.85 4.85 13.62 0.92 -0.77 0.00 -2.85 10.69 0.00 -6.00 0.00 4.55 4.55
1.23 0.00 -3.00 2.54 2.92 -5.62 0.62 1.85 -2.08 0.00 8.77 -3.23 0.38 2.62 0.00 4.77 3.54 6.77 3.31 1.85 0.00 -1.38 0.00 0.00 -6.23 0.00 4.55 4.55
2.00 0.00 -3.00 6.00 5.00 -5.00 4.00 5.00 -3.00 0.00 4.00 -4.00 -3.00 15.00 0.00 0.00 4.00 1.00 3.00 2.00 0.00 -3.00 -3.00 0.00 -1.00 0.00 4.55 4.55
3.23 0.00 -2.54 5.92 8.23 -4.31 3.31 2.77 -1.38 0.00 3.00 -2.00 -1.08 3.69 0.00 1.31 4.92 0.54 2.31 2.38 0.00 -1.23 -5.77 0.00 -3.31 0.00 4.55 4.55
1.85 0.00 -0.77 0.62 1.15 -1.54 0.46 0.46 2.15 0.00 3.23 1.15 2.15 0.31 0.00 4.15 1.31 1.77 1.08 1.77 0.00 3.23 -4.08 0.00 -3.23 0.00 4.55 4.55
0.85 0.00 -5.54 1.00 2.54 1.46 -0.54 0.62 3.00 0.00 2.23 5.23 5.08 0.38 0.00 -0.08 3.23 0.00 -0.92 1.38 0.00 3.46 -1.46 0.00 -1.77 0.00 4.55 4.55
5.08 0.00 -1.15 5.23 7.08 -5.31 5.00 1.69 -1.46 0.00 2.15 -2.85 -1.38 3.00 0.00 4.46 3.38 0.92 3.92 3.46 0.00 -0.31 -6.69 0.00 -5.08 0.00 4.55 4.55
1.08 0.00 -4.31 2.62 3.15 0.85 2.23 0.62 0.77 0.00 0.15 2.38 1.31 2.08 0.00 -0.77 1.15 -0.77 1.08 1.62 0.00 1.00 -2.38 0.00 -0.23 0.00 4.55 4.55
4.85 0.00 2.23 4.85 4.00 -4.23 11.69 -1.00 -2.31 0.00 -0.77 -4.00 -2.62 4.31 0.00 1.92 1.31 -2.77 4.77 4.15 0.00 1.38 -7.54 0.00 -3.77 0.00 4.55 4.55
2.00 0.00 -3.00 6.00 5.00 -5.00 4.00 5.00 -3.00 0.00 4.00 -4.00 -3.00 15.00 0.00 0.00 4.00 1.00 3.00 2.00 0.00 -3.00 -3.00 0.00 -1.00 0.00 4.55 4.55
6.00 0.00 2.00 6.00 5.00 -6.00 15.00 -2.00 -3.00 0.00 -1.00 -5.00 -3.00 4.00 0.00 3.00 2.00 -3.00 6.00 4.00 0.00 2.00 -10.00 0.00 -6.00 0.00 4.55 4.55
0.31 0.00 2.00 -2.00 -2.00 5.38 -2.23 -3.00 14.38 0.00 -2.00 8.00 6.00 -3.00 0.00 -1.54 -2.85 -3.00 -1.00 2.00 0.00 11.62 -5.46 0.00 0.69 0.00 4.55 4.55
-2.62 0.00 4.23 -5.46 -4.38 11.77 -5.23 0.31 5.92 0.00 -4.85 7.15 3.00 -2.62 0.00 -5.77 -5.38 -4.92 -3.08 -1.69 0.00 3.15 7.08 0.00 10.38 0.00 4.55 4.55
2.38 0.00 -4.00 9.85 7.54 -7.77 4.08 3.23 -1.54 0.00 4.23 -3.69 -2.00 4.62 0.00 1.62 5.31 1.92 1.85 3.54 0.00 -1.46 -7.00 0.00 -4.92 0.00 4.55 4.55
-2.08 0.00 -2.08 0.08 0.00 -4.85 -2.31 3.92 -2.46 0.00 8.00 -4.15 1.38 1.15 0.00 2.54 3.23 12.54 1.54 -0.31 0.00 -2.46 9.23 0.00 -4.77 0.00 4.55 4.55
-3.38 0.00 8.31 -5.46 -5.46 12.92 -6.31 2.69 0.54 0.00 -5.46 3.15 -1.15 -1.15 0.00 -8.00 -5.92 -4.54 -3.46 -3.23 0.00 -1.54 11.31 0.00 14.69 0.00 4.55 4.55
0.31 0.00 -3.85 3.69 5.23 -4.31 0.54 2.92 -0.08 0.00 5.69 -1.46 1.23 2.31 0.00 1.54 4.46 5.69 1.00 0.85 0.00 -0.00 -0.62 0.00 -4.77 0.00 4.55 4.55
-1.92 0.00 4.62 -1.62 -1.46 7.15 -3.54 5.77 -0.15 0.00 -2.85 1.46 -1.31 2.54 0.00 -4.31 -1.85 -2.31 -2.38 -1.77 0.00 -1.54 6.15 0.00 9.62 0.00 4.55 4.55
5.00 0.00 1.00 1.00 1.00 -6.00 3.00 2.00 -2.00 0.00 1.00 -3.00 -2.00 0.00 0.00 15.00 3.00 3.00 4.00 3.00 0.00 1.00 -8.00 0.00 -8.00 0.00 4.55 4.55
1.69 0.00 2.00 -2.00 -2.00 2.62 1.23 -3.00 11.62 0.00 -2.00 8.00 6.00 -3.00 0.00 0.54 -2.15 -3.00 -1.00 2.00 0.00 14.38 -7.54 0.00 -0.69 0.00 4.55 4.55
-0.23 0.00 -4.92 -4.08 -2.69 9.23 -3.23 -2.31 9.23 0.00 -2.69 12.85 10.15 -3.69 0.00 -2.00 -1.38 -3.69 -3.08 -0.08 0.00 9.85 1.23 0.00 1.92 0.00 4.55 4.55
4.00 0.00 2.00 2.00 2.00 -3.00 4.00 -1.00 2.00 0.00 2.00 -1.00 0.00 2.00 0.00 3.00 -1.00 -1.00 3.00 15.00 0.00 2.00 -6.00 0.00 -3.00 0.00 4.55 4.55
8.77 0.00 0.62 2.15 2.15 -4.31 2.85 0.08 0.38 0.00 3.38 -1.08 1.08 1.77 0.00 3.54 2.23 1.46 2.85 2.77 0.00 1.31 -3.15 0.00 -3.62 0.00 4.55 4.55
6.77 0.00 -2.54 7.31 8.77 -6.31 5.69 2.31 -1.62 0.00 1.92 -2.38 -1.31 3.92 0.00 2.69 5.85 -0.54 2.46 2.31 0.00 -0.46 -9.08 0.00 -4.62 0.00 4.55 4.55
-1.00 0.00 -1.00 4.00 4.00 -1.00 -2.00 15.00 -3.00 0.00 1.00 -2.00 -3.00 5.00 0.00 2.00 6.00 5.00 -2.00 -1.00 0.00 -3.00 -1.00 0.00 3.00 0.00 4.55 4.55
4.08 0.00 1.38 0.08 0.23 0.69 1.69 -1.85 6.54 0.00 -0.23 3.69 3.23 -0.38 0.00 1.38 -1.15 -2.31 1.08 7.08 0.00 6.54 -5.54 0.00 -1.31 0.00 4.55 4.55
5.00 0.00 1.00 1.00 1.00 -6.00 3.00 2.00 -2.00 0.00 1.00 -3.00 -2.00 0.00 0.00 15.00 3.00 3.00 4.00 3.00 0.00 1.00 -8.00 0.00 -8.00 0.00 4.55 4.55
0.00 0.00 -5.00 -3.85 -2.46 8.62 -3.15 -1.92 8.23 0.00 -2.46 12.00 9.54 -3.46 0.00 -0.92 -1.00 -3.23 -2.69 0.00 0.00 8.77 1.23 0.00 1.38 0.00 4.55 4.55
-1.38 0.00 -0.23 -3.00 -0.38 6.62 -1.85 1.15 3.46 0.00 -2.54 5.62 2.15 -1.15 0.00 -2.54 -3.08 -2.77 -1.15 1.08 0.00 1.77 3.08 0.00 6.08 0.00 4.55 4.55
-8.00 0.00 -12.00 -11.00 -11.00 12.00 -10.00 -1.00 -5.00 0.00 1.00 5.00 -3.00 -3.00 0.00 -8.00 -5.00 13.00 3.00 -6.00 0.00 -8.00 15.00 0.00 11.00 0.00 4.55 4.55
-1.69 0.00 -3.54 1.00 1.00 -4.62 -2.15 3.54 -1.38 0.00 8.54 -2.62 2.15 1.62 0.00 2.15 4.31 11.15 0.92 -0.08 0.00 -1.62 7.46 0.00 -5.46 0.00 4.55 4.55
-3.00 0.00 10.00 -5.00 -5.00 13.00 -6.00 3.00 1.00 0.00 -6.00 3.00 -1.00 -1.00 0.00 -8.00 -6.00 -6.00 -4.00 -3.00 0.00 -1.00 11.00 0.00 15.00 0.00 4.55 4.55
3.00 0.00 -5.00 15.00 10.00 -10.00 6.00 4.00 -2.00 0.00 3.00 -5.00 -4.00 6.00 0.00 1.00 6.00 0.00 2.00 2.00 0.00 -2.00 -11.00 0.00 -5.00 0.00 4.55 4.55
-2.69 0.00 -3.92 -6.92 -4.31 13.23 -5.46 -1.23 6.69 0.00 -4.38 12.92 8.31 -4.15 0.00 -4.54 -4.08 -4.54 -3.62 -1.92 0.00 5.00 8.15 0.00 7.77 0.00 4.55 4.55
2.23 0.00 -3.46 8.08 6.15 -6.15 4.46 4.77 -2.77 0.00 3.77 -4.23 -3.23 12.92 0.00 0.23 4.46 0.77 2.77 2.00 0.00 -2.77 -4.85 0.00 -1.92 0.00 4.55 4.55
4.00 0.00 -2.38 4.69 6.62 -5.85 3.23 2.69 -1.92 0.00 3.31 -2.92 -1.23 2.46 0.00 6.85 4.23 2.69 2.85 2.31 0.00 -0.62 -6.85 0.00 -6.15 0.00 4.55 4.55
2.77 0.00 -4.77 6.85 8.85 -4.38 2.85 3.62 -1.23 0.00 4.08 -1.62 -0.46 4.77 0.00 1.00 4.69 1.15 1.46 1.69 0.00 -1.08 -6.31 0.00 -3.46 0.00 4.55 4.55
5.62 0.00 1.92 3.15 2.77 -3.85 4.62 -0.69 1.15 0.00 1.77 -1.54 -0.54 2.38 0.00 3.23 0.00 -1.08 4.00 11.38 0.00 1.46 -6.00 0.00 -3.23 0.00 4.55 4.55
2.00 0.00 -3.00 6.00 5.00 -5.00 4.00 5.00 -3.00 0.00 4.00 -4.00 -3.00 15.00 0.00 0.00 4.00 1.00 3.00 2.00 0.00 -3.00 -3.00 0.00 -1.00 0.00 4.55 4.55
5.00 0.00 1.00 1.00 1.00 -6.00 3.00 2.00 -2.00 0.00 1.00 -3.00 -2.00 0.00 0.00 15.00 3.00 3.00 4.00 3.00 0.00 1.00 -8.00 0.00 -8.00 0.00 4.55 4.55
-2.38 0.00 3.92 -4.92 -3.69 9.46 -4.08 2.08 2.38 0.00 -4.08 4.69 1.38 -0.85 0.00 -4.85 -4.46 -3.46 -2.15 -1.85 0.00 0.38 6.46 0.00 10.62 0.00 4.55 4.55
-1.92 0.00 -4.08 -6.54 -4.15 11.92 -4.77 -1.62 6.92 0.00 -4.15 12.31 8.46 -4.23 0.00 -3.62 -3.54 -4.23 -2.92 -1.38 0.00 5.69 5.85 0.00 6.62 0.00 4.55 4.55
0.08 0.00 -6.15 -3.31 -1.46 4.54 -2.77 -2.23 5.46 0.00 1.77 11.23 13.62 -2.54 0.00 -1.69 1.08 1.69 -2.92 -0.15 0.00 5.54 -2.54 0.00 -1.08 0.00 4.55 4.55
2.62 0.00 -6.15 8.54 12.92 -4.77 4.00 3.69 -1.31 0.00 2.62 -1.46 -0.77 4.23 0.00 0.85 6.15 0.00 1.31 1.54 0.00 -1.23 -9.31 0.00 -4.46 0.00 4.55 4.55
-3.00 0.00 -3.00 0.00 0.00 -5.00 -3.00 5.00 -3.00 0.00 8.00 -4.00 2.00 1.00 0.00 3.00 4.00 15.00 1.00 -1.00 0.00 -3.00 13.00 0.00 -6.00 0.00 4.55 4.55
0.38 0.00 -4.08 0.08 0.46 3.31 -1.77 -0.08 6.69 0.00 -0.23 7.38 6.38 -1.00 0.00 -0.92 2.69 -1.08 -1.85 0.23 0.00 5.69 -2.23 0.00 -0.62 0.00 4.55 4.55
5.54 0.00 1.38 5.23 4.46 -5.15 13.62 -2.08 -2.31 0.00 -0.77 -3.69 -1.62 3.46 0.00 2.62 1.85 -2.62 5.31 3.69 0.00 2.31 -9.46 0.00 -5.62 0.00 4.55 4.55