# Gribskov Protein Profile
# Columns are amino acids A->Z
# Last column is indel penalty
# Rows are alignment positions 1->n
Gribskov
Name		mymatrix
Matrix		pprofile
Length		29
Max_score	326.55
Threshold	75
Gap_open	3.00
Gap_extend	0.30
Consensus	IPWEERPAGCKDVVWRYSKNPIIPRNLIP
-0.07 0.00 -0.80 -2.73 -2.07 6.13 -3.13 -2.93 12.13 0.00 -1.00 9.53 8.80 -3.07 0.00 -2.07 -2.07 -1.73 -1.73 1.27 0.00 9.47 -3.80 0.00 0.60 0.00 4.55 4.55
5.00 0.00 1.00 1.00 1.00 -6.00 3.00 2.00 -2.00 0.00 1.00 -3.00 -2.00 0.00 0.00 15.00 3.00 3.00 4.00 3.00 0.00 1.00 -8.00 0.00 -8.00 0.00 4.55 4.55
-8.00 0.00 -12.00 -11.00 -11.00 12.00 -10.00 -1.00 -5.00 0.00 1.00 5.00 -3.00 -3.00 0.00 -8.00 -5.00 13.00 3.00 -6.00 0.00 -8.00 15.00 0.00 11.00 0.00 4.55 4.55
2.67 0.00 -6.00 8.67 12.00 -6.67 4.00 4.67 -2.33 0.00 3.33 -2.33 -1.33 4.67 0.00 1.67 9.00 1.33 1.00 1.00 0.00 -2.00 -9.00 0.00 -5.33 0.00 4.55 4.55
3.13 0.00 -5.13 11.40 12.07 -7.60 5.27 3.87 -2.00 0.00 2.87 -3.80 -2.80 5.07 0.00 1.93 5.80 0.20 2.13 2.07 0.00 -1.80 -10.80 0.00 -5.20 0.00 4.55 4.55
-2.20 0.00 -3.80 0.80 0.80 -5.27 -2.47 3.93 -2.73 0.00 9.87 -3.73 2.00 1.80 0.00 2.47 4.00 13.13 1.27 -0.20 0.00 -2.73 9.80 0.00 -6.00 0.00 4.55 4.55
5.67 0.00 1.13 1.13 1.13 -5.93 3.20 1.80 -1.87 0.00 0.93 -2.87 -1.87 0.13 0.00 14.33 2.93 2.60 4.00 3.07 0.00 1.07 -8.00 0.00 -7.67 0.00 4.55 4.55
5.93 0.00 -1.87 3.40 4.47 -3.33 3.00 0.47 1.00 0.00 3.40 0.27 1.40 2.80 0.00 2.00 2.60 -0.00 1.93 2.47 0.00 2.20 -5.60 0.00 -3.20 0.00 4.55 4.55
4.60 0.00 -0.40 8.73 6.47 -7.07 10.67 0.47 -2.53 0.00 0.87 -4.87 -3.33 5.33 0.00 2.20 3.27 -1.47 5.07 3.13 0.00 0.13 -9.00 0.00 -5.20 0.00 4.55 4.55
2.73 0.00 12.13 -2.73 -3.80 -0.93 2.27 -0.53 1.27 0.00 -4.33 -6.53 -5.13 -1.47 0.00 0.80 -4.53 -2.47 6.27 1.80 0.00 1.13 -8.40 0.00 7.47 0.00 4.55 4.55
1.67 0.00 -3.33 3.53 4.20 -3.87 1.67 1.13 -0.60 0.00 7.27 -1.60 0.73 4.60 0.00 1.20 2.60 2.93 2.80 4.47 0.00 -0.60 -2.13 0.00 -3.87 0.00 4.55 4.55
3.80 0.00 -3.13 11.33 8.93 -7.80 5.93 3.60 -1.93 0.00 2.33 -4.20 -3.27 5.20 0.00 1.67 5.00 -0.00 3.00 2.13 0.00 -1.47 -9.13 0.00 -4.33 0.00 4.55 4.55
2.20 0.00 1.80 -1.40 -1.40 1.20 1.20 -2.00 9.20 0.00 -1.40 5.80 4.40 -2.40 0.00 3.20 -1.20 -1.80 0.00 2.20 0.00 11.40 -7.40 0.00 -2.00 0.00 4.55 4.55
0.87 0.00 -1.07 -2.87 -2.20 4.93 -0.73 -2.80 10.27 0.00 -1.67 9.93 8.40 -3.20 0.00 -0.60 -1.67 -2.53 -1.87 1.13 0.00 11.87 -4.33 0.00 0.07 0.00 4.55 4.55
-8.00 0.00 -12.00 -11.00 -11.00 12.00 -10.00 -1.00 -5.00 0.00 1.00 5.00 -3.00 -3.00 0.00 -8.00 -5.00 13.00 3.00 -6.00 0.00 -8.00 15.00 0.00 11.00 0.00 4.55 4.55
-3.00 0.00 -3.00 0.00 0.00 -5.00 -3.00 5.00 -3.00 0.00 8.00 -4.00 2.00 1.00 0.00 3.00 4.00 15.00 1.00 -1.00 0.00 -3.00 13.00 0.00 -6.00 0.00 4.55 4.55
-0.40 0.00 7.20 -1.47 -1.47 5.80 -1.47 2.93 -0.20 0.00 -2.40 0.00 -1.93 1.13 0.00 -2.67 -2.73 -2.20 2.60 -0.73 0.00 -1.27 6.73 0.00 7.07 0.00 4.55 4.55
2.47 0.00 -0.00 3.67 3.67 -3.93 3.27 1.33 0.13 0.00 3.53 -1.53 -0.53 2.87 0.00 2.47 3.07 1.80 5.33 2.60 0.00 0.80 -2.53 0.00 -3.73 0.00 4.55 4.55
3.67 0.00 -2.80 4.20 4.47 -5.47 2.20 3.73 -2.07 0.00 5.60 -2.27 -0.07 3.60 0.00 2.60 6.07 3.80 1.47 1.33 0.00 -1.13 -3.00 0.00 -4.13 0.00 4.55 4.55
2.00 0.00 -3.00 6.00 5.00 -5.00 4.00 5.00 -3.00 0.00 4.00 -4.00 -3.00 15.00 0.00 0.00 4.00 1.00 3.00 2.00 0.00 -3.00 -3.00 0.00 -1.00 0.00 4.55 4.55
5.00 0.00 1.00 1.00 1.00 -6.00 3.00 2.00 -2.00 0.00 1.00 -3.00 -2.00 0.00 0.00 15.00 3.00 3.00 4.00 3.00 0.00 1.00 -8.00 0.00 -8.00 0.00 4.55 4.55
0.60 0.00 1.33 -2.20 -2.07 5.07 -1.47 -2.93 13.20 0.00 -2.07 8.47 6.40 -3.07 0.00 -1.07 -2.53 -3.07 -1.20 1.80 0.00 12.13 -5.33 0.00 0.47 0.00 4.55 4.55
0.00 0.00 2.00 -2.00 -2.00 6.00 -3.00 -3.00 15.00 0.00 -2.00 8.00 6.00 -3.00 0.00 -2.00 -3.00 -3.00 -1.00 2.00 0.00 11.00 -5.00 0.00 1.00 0.00 4.55 4.55
3.80 0.00 -0.20 3.00 2.73 -5.47 5.13 1.40 -2.07 0.00 3.33 -3.33 -1.40 2.33 0.00 7.33 2.87 2.27 3.67 3.60 0.00 0.47 -6.13 0.00 -6.00 0.00 4.55 4.55
-3.33 0.00 -3.60 -0.73 -0.73 -3.87 -3.47 4.60 -3.13 0.00 7.53 -3.40 1.67 0.73 0.00 2.27 3.40 14.87 1.13 -1.33 0.00 -3.33 13.13 0.00 -4.87 0.00 4.55 4.55
2.13 0.00 -3.13 9.13 7.00 -5.87 4.20 4.40 -2.27 0.00 2.87 -3.87 -3.20 9.67 0.00 -0.07 4.27 0.07 2.07 1.67 0.00 -2.40 -5.80 0.00 -1.80 0.00 4.55 4.55
2.47 0.00 -3.80 1.00 2.00 0.20 0.20 2.07 1.47 0.00 0.40 3.73 3.27 0.40 0.00 3.33 4.13 0.13 -0.27 1.40 0.00 2.40 -2.67 0.00 -2.33 0.00 4.55 4.55
3.40 0.00 -0.47 -1.53 -1.00 4.00 -0.27 -2.20 8.47 0.00 -1.60 7.47 6.00 -1.93 0.00 0.07 -1.13 -3.13 -0.53 2.47 0.00 8.60 -3.60 0.00 0.07 0.00 4.55 4.55
3.13 0.00 -1.13 1.47 1.47 -5.93 1.53 1.93 -2.07 0.00 5.20 -3.07 -0.67 1.13 0.00 10.47 3.33 5.13 3.27 2.47 0.00 -0.07 -4.20 0.00 -7.33 0.00 4.55 4.55