Discrepancy Report Results Summary DISC_SOURCE_QUALS_ASNDISC:strain (all present, all same) DISC_SOURCE_QUALS_ASNDISC:taxname (all present, all same) DISC_FEATURE_COUNT:gene: 1293 present DISC_FEATURE_COUNT:CDS: 1264 present DISC_FEATURE_COUNT:tRNA: 25 present DISC_FEATURE_COUNT:rRNA: 3 present DISC_FEATURE_COUNT:tmRNA: 1 present DISC_COUNT_NUCLEOTIDES:231 nucleotide Bioseqs are present OVERLAPPING_GENES:303 genes overlap another gene on the same strand. OVERLAPPING_CDS:4 coding regions overlap another coding region with a similar or identical name. RNA_CDS_OVERLAP:1 coding regions overlap RNA features SUSPECT_PRODUCT_NAMES:14 product_names contain suspect phrase or characters Putative Typo 2 features may contain systematic gene product identifiers from phage May contain database identifier more appropriate in note; remove from product name 5 features Contains underscore use protein instead of gene as appropriate 7 features contains 'gene' DISC_SUSPICIOUS_NOTE_TEXT:5 note texts contain suspicious phrases NO_ANNOTATION:47 bioseqs have no features DISC_QUALITY_SCORES:Quality scores are missing on all sequences. ONCALLER_COMMENT_PRESENT:231 comment descriptors were found (all same) SHORT_PROT_SEQUENCES:38 protein sequences are shorter than 50 aa. MISSING_GENOMEASSEMBLY_COMMENTS:231 bioseqs are missing GenomeAssembly structured comments MOLTYPE_NOT_MRNA:231 molecule types are not set as mRNA. TECHNIQUE_NOT_TSA:231 technique are not set as TSA MISSING_STRUCTURED_COMMENT:231 sequences do not include structured comments. MISSING_PROJECT:1495 sequences do not include project. DISC_INCONSISTENT_MOLINFO_TECH:Molinfo Technique Report (some missing, all same) DISC_GAPS:2 sequences contain gaps Detailed Report DiscRep_ALL:DISC_SOURCE_QUALS_ASNDISC::strain (all present, all same) DiscRep_SUB:DISC_SOURCE_QUALS_ASNDISC::231 sources have 'wNfe' for strain DiscRep_ALL:DISC_SOURCE_QUALS_ASNDISC::taxname (all present, all same) DiscRep_SUB:DISC_SOURCE_QUALS_ASNDISC::231 sources have 'Genus wolbachia endosymbiont' for taxname DiscRep_ALL:DISC_FEATURE_COUNT::gene: 1293 present DiscRep_ALL:DISC_FEATURE_COUNT::CDS: 1264 present DiscRep_ALL:DISC_FEATURE_COUNT::tRNA: 25 present DiscRep_ALL:DISC_FEATURE_COUNT::rRNA: 3 present DiscRep_ALL:DISC_FEATURE_COUNT::tmRNA: 1 present DiscRep_ALL:DISC_COUNT_NUCLEOTIDES::231 nucleotide Bioseqs are present /home/yquentin/work/wolbachia/prokka/wNfe/wNfe:Prokka:wNfe_contig000001 (length 32009) /home/yquentin/work/wolbachia/prokka/wNfe/wNfe:Prokka:wNfe_contig000002 (length 23907) /home/yquentin/work/wolbachia/prokka/wNfe/wNfe:Prokka:wNfe_contig000003 (length 4675) /home/yquentin/work/wolbachia/prokka/wNfe/wNfe:Prokka:wNfe_contig000004 (length 4663) /home/yquentin/work/wolbachia/prokka/wNfe/wNfe:Prokka:wNfe_contig000005 (length 4413) /home/yquentin/work/wolbachia/prokka/wNfe/wNfe:Prokka:wNfe_contig000006 (length 346) /home/yquentin/work/wolbachia/prokka/wNfe/wNfe:Prokka:wNfe_contig000007 (length 4385) /home/yquentin/work/wolbachia/prokka/wNfe/wNfe:Prokka:wNfe_contig000008 (length 4340) /home/yquentin/work/wolbachia/prokka/wNfe/wNfe:Prokka:wNfe_contig000009 (length 4315) /home/yquentin/work/wolbachia/prokka/wNfe/wNfe:Prokka:wNfe_contig000010 (length 4250) /home/yquentin/work/wolbachia/prokka/wNfe/wNfe:Prokka:wNfe_contig000011 (length 4243) /home/yquentin/work/wolbachia/prokka/wNfe/wNfe:Prokka:wNfe_contig000012 (length 4180) /home/yquentin/work/wolbachia/prokka/wNfe/wNfe:Prokka:wNfe_contig000013 (length 4165) 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DiscRep_SUB:OVERLAPPING_CDS::4 coding regions overlap another coding region with a similar or identical name that do not have the appropriate note text /home/yquentin/work/wolbachia/prokka/wNfe/wNfe:CDS TrbL/VirB6 plasmid conjugal transfer protein wNfe_contig000001:c10842-7819 wNfe_00008 /home/yquentin/work/wolbachia/prokka/wNfe/wNfe:CDS TrbL/VirB6 plasmid conjugal transfer protein wNfe_contig000001:c13241-10839 wNfe_00009 /home/yquentin/work/wolbachia/prokka/wNfe/wNfe:CDS L-allo-threonine aldolase wNfe_contig000115:c10311-9268 wNfe_00545 /home/yquentin/work/wolbachia/prokka/wNfe/wNfe:CDS L-allo-threonine aldolase wNfe_contig000115:c11357-10308 wNfe_00546 DiscRep_ALL:RNA_CDS_OVERLAP::1 coding regions overlap RNA features DiscRep_SUB:RNA_CDS_OVERLAP::1 coding regions overlap RNAs (no containment) DiscRep_SUB:RNA_CDS_OVERLAP::1 coding regions overlap RNAs on the same strand (no containment) /home/yquentin/work/wolbachia/prokka/wNfe/wNfe:CDS Stringent starvation protein B 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