Discrepancy Report Results Summary DISC_SOURCE_QUALS_ASNDISC:strain (all present, all same) DISC_SOURCE_QUALS_ASNDISC:taxname (all present, all same) DISC_FEATURE_COUNT:gene: 1541 present DISC_FEATURE_COUNT:CDS: 1503 present DISC_FEATURE_COUNT:tRNA: 34 present DISC_FEATURE_COUNT:rRNA: 3 present DISC_FEATURE_COUNT:tmRNA: 1 present DISC_COUNT_NUCLEOTIDES:16 nucleotide Bioseqs are present OVERLAPPING_GENES:400 genes overlap another gene on the same strand. OVERLAPPING_CDS:4 coding regions overlap another coding region with a similar or identical name. RNA_CDS_OVERLAP:1 coding regions overlap RNA features SUSPECT_PRODUCT_NAMES:17 product_names contain suspect phrase or characters Putative Typo 4 features may contain systematic gene product identifiers from phage May contain database identifier more appropriate in note; remove from product name 1 features contains three or more numbers together that may be identifiers more appropriate in note 5 features Contains underscore use protein instead of gene as appropriate 7 features contains 'gene' DISC_SUSPICIOUS_NOTE_TEXT:5 note texts contain suspicious phrases NO_ANNOTATION:2 bioseqs have no features DISC_QUALITY_SCORES:Quality scores are missing on all sequences. ONCALLER_COMMENT_PRESENT:16 comment descriptors were found (all same) SHORT_PROT_SEQUENCES:27 protein sequences are shorter than 50 aa. MISSING_GENOMEASSEMBLY_COMMENTS:16 bioseqs are missing GenomeAssembly structured comments MOLTYPE_NOT_MRNA:16 molecule types are not set as mRNA. TECHNIQUE_NOT_TSA:16 technique are not set as TSA MISSING_STRUCTURED_COMMENT:16 sequences do not include structured comments. MISSING_PROJECT:1519 sequences do not include project. DISC_INCONSISTENT_MOLINFO_TECH:Molinfo Technique Report (some missing, all same) DISC_GAPS:2 sequences contain gaps Detailed Report DiscRep_ALL:DISC_SOURCE_QUALS_ASNDISC::strain (all present, all same) DiscRep_SUB:DISC_SOURCE_QUALS_ASNDISC::16 sources have 'JHBwCquin' for strain DiscRep_ALL:DISC_SOURCE_QUALS_ASNDISC::taxname (all present, all same) DiscRep_SUB:DISC_SOURCE_QUALS_ASNDISC::16 sources have 'Genus wolbachia endosymbiont' for taxname DiscRep_ALL:DISC_FEATURE_COUNT::gene: 1541 present DiscRep_ALL:DISC_FEATURE_COUNT::CDS: 1503 present DiscRep_ALL:DISC_FEATURE_COUNT::tRNA: 34 present DiscRep_ALL:DISC_FEATURE_COUNT::rRNA: 3 present DiscRep_ALL:DISC_FEATURE_COUNT::tmRNA: 1 present DiscRep_ALL:DISC_COUNT_NUCLEOTIDES::16 nucleotide Bioseqs are present /home/yquentin/work/wolbachia/prokka/JHBwCquin/JHBwCquin:Prokka:JHBwCquin_contig000001 (length 70442, 1 other, 85 gap) /home/yquentin/work/wolbachia/prokka/JHBwCquin/JHBwCquin:Prokka:JHBwCquin_contig000002 (length 42565) 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DiscRep_SUB:OVERLAPPING_CDS::4 coding regions overlap another coding region with a similar or identical name that do not have the appropriate note text /home/yquentin/work/wolbachia/prokka/JHBwCquin/JHBwCquin:CDS putative zinc protease JHBwCquin_contig000003:80846-82174 JHBwCquin_00204 /home/yquentin/work/wolbachia/prokka/JHBwCquin/JHBwCquin:CDS putative zinc protease JHBwCquin_contig000003:82161-83483 JHBwCquin_00205 /home/yquentin/work/wolbachia/prokka/JHBwCquin/JHBwCquin:CDS TrbL/VirB6 plasmid conjugal transfer protein JHBwCquin_contig000003:c191226-188329 JHBwCquin_00310 /home/yquentin/work/wolbachia/prokka/JHBwCquin/JHBwCquin:CDS TrbL/VirB6 plasmid conjugal transfer protein JHBwCquin_contig000003:c193598-191226 JHBwCquin_00311 DiscRep_ALL:RNA_CDS_OVERLAP::1 coding regions overlap RNA features DiscRep_SUB:RNA_CDS_OVERLAP::1 coding regions overlap RNAs (no containment) DiscRep_SUB:RNA_CDS_OVERLAP::1 coding regions overlap RNAs on the same strand (no containment) /home/yquentin/work/wolbachia/prokka/JHBwCquin/JHBwCquin:CDS ClpXP protease specificity-enhancing factor JHBwCquin_contig000003:948381-948809 JHBwCquin_01072 /home/yquentin/work/wolbachia/prokka/JHBwCquin/JHBwCquin:tmRNA transfer-messenger RNA, SsrA JHBwCquin_contig000003:948056-948388 JHBwCquin_01071 DiscRep_ALL:SUSPECT_PRODUCT_NAMES::17 product_names contain suspect phrase or characters DiscRep_SUB:SUSPECT_PRODUCT_NAMES::Putative Typo DiscRep_SUB:SUSPECT_PRODUCT_NAMES::4 features may contain systematic gene product identifiers from phage /home/yquentin/work/wolbachia/prokka/JHBwCquin/JHBwCquin:CDS gpW JHBwCquin_contig000002:1586-1810 JHBwCquin_00088 /home/yquentin/work/wolbachia/prokka/JHBwCquin/JHBwCquin:CDS gpW JHBwCquin_contig000003:c1099019-1098795 JHBwCquin_01219 /home/yquentin/work/wolbachia/prokka/JHBwCquin/JHBwCquin:CDS gpW JHBwCquin_contig000003:c1363611-1363387 JHBwCquin_01462 /home/yquentin/work/wolbachia/prokka/JHBwCquin/JHBwCquin:CDS gpW JHBwCquin_contig000007:c2991-2767 JHBwCquin_01514 DiscRep_SUB:SUSPECT_PRODUCT_NAMES::May contain database identifier more appropriate in note; remove from product name DiscRep_SUB:SUSPECT_PRODUCT_NAMES::1 features contains three or more numbers together that may be identifiers more appropriate in note /home/yquentin/work/wolbachia/prokka/JHBwCquin/JHBwCquin:CDS Endoglucanase C307 JHBwCquin_contig000003:c567525-566413 JHBwCquin_00681 DiscRep_SUB:SUSPECT_PRODUCT_NAMES::5 features Contains underscore /home/yquentin/work/wolbachia/prokka/JHBwCquin/JHBwCquin:CDS Phage tail protein (Tail_P2_I) JHBwCquin_contig000002:9021-10181 JHBwCquin_00102 /home/yquentin/work/wolbachia/prokka/JHBwCquin/JHBwCquin:CDS Aspartate kinase Ask_LysC JHBwCquin_contig000003:c510750-509590 JHBwCquin_00622 /home/yquentin/work/wolbachia/prokka/JHBwCquin/JHBwCquin:CDS Putative O-methyltransferase/MSMEI_4947 JHBwCquin_contig000003:c551556-550879 JHBwCquin_00662 /home/yquentin/work/wolbachia/prokka/JHBwCquin/JHBwCquin:CDS Phage tail protein (Tail_P2_I) JHBwCquin_contig000003:1261655-1262815 JHBwCquin_01376 /home/yquentin/work/wolbachia/prokka/JHBwCquin/JHBwCquin:CDS Phage tail protein (Tail_P2_I) JHBwCquin_contig000003:c1356268-1355108 JHBwCquin_01450 DiscRep_SUB:SUSPECT_PRODUCT_NAMES::use protein instead of gene as appropriate DiscRep_SUB:SUSPECT_PRODUCT_NAMES::7 features contains 'gene' /home/yquentin/work/wolbachia/prokka/JHBwCquin/JHBwCquin:CDS Phage late control gene D protein (GPD) JHBwCquin_contig000001:19639-20583 JHBwCquin_00028 /home/yquentin/work/wolbachia/prokka/JHBwCquin/JHBwCquin:CDS Phage late control gene D protein (GPD) JHBwCquin_contig000001:c51404-50469 JHBwCquin_00058 /home/yquentin/work/wolbachia/prokka/JHBwCquin/JHBwCquin:CDS Gene 25-like lysozyme JHBwCquin_contig000002:7898-8233 JHBwCquin_00100 /home/yquentin/work/wolbachia/prokka/JHBwCquin/JHBwCquin:CDS Phage late control gene D protein (GPD) JHBwCquin_contig000003:24763-25698 JHBwCquin_00152 /home/yquentin/work/wolbachia/prokka/JHBwCquin/JHBwCquin:CDS Phage late control gene D protein (GPD) JHBwCquin_contig000003:c1228453-1227518 JHBwCquin_01338 /home/yquentin/work/wolbachia/prokka/JHBwCquin/JHBwCquin:CDS Gene 25-like lysozyme JHBwCquin_contig000003:1260532-1260867 JHBwCquin_01374 /home/yquentin/work/wolbachia/prokka/JHBwCquin/JHBwCquin:CDS Gene 25-like lysozyme JHBwCquin_contig000003:c1357391-1357056 JHBwCquin_01452 DiscRep_ALL:DISC_SUSPICIOUS_NOTE_TEXT::5 note texts contain suspicious phrases DiscRep_SUB:DISC_SUSPICIOUS_NOTE_TEXT::5 note texts contain 'homolog' /home/yquentin/work/wolbachia/prokka/JHBwCquin/JHBwCquin:CDS hypothetical protein JHBwCquin_contig000003:231597-232118 JHBwCquin_00343 /home/yquentin/work/wolbachia/prokka/JHBwCquin/JHBwCquin:CDS hypothetical protein JHBwCquin_contig000003:550254-550907 JHBwCquin_00661 /home/yquentin/work/wolbachia/prokka/JHBwCquin/JHBwCquin:CDS hypothetical protein JHBwCquin_contig000003:c698752-698153 JHBwCquin_00820 /home/yquentin/work/wolbachia/prokka/JHBwCquin/JHBwCquin:CDS hypothetical protein JHBwCquin_contig000003:887785-888243 JHBwCquin_01016 /home/yquentin/work/wolbachia/prokka/JHBwCquin/JHBwCquin:CDS hypothetical protein JHBwCquin_contig000003:1132317-1132799 JHBwCquin_01249 DiscRep_ALL:NO_ANNOTATION::2 bioseqs have no features /home/yquentin/work/wolbachia/prokka/JHBwCquin/JHBwCquin:Prokka:JHBwCquin_contig000005 (length 725) /home/yquentin/work/wolbachia/prokka/JHBwCquin/JHBwCquin:Prokka:JHBwCquin_contig000012 (length 1198) DiscRep_ALL:DISC_QUALITY_SCORES::Quality scores are missing on all sequences. DiscRep_ALL:ONCALLER_COMMENT_PRESENT::16 comment descriptors were found (all same) /home/yquentin/work/wolbachia/prokka/JHBwCquin/JHBwCquin:Prokka:JHBwCquin_contig000001:Annotated using prokka 1.10 from http://www.vicbioinformatics.com /home/yquentin/work/wolbachia/prokka/JHBwCquin/JHBwCquin:Prokka:JHBwCquin_contig000002:Annotated using prokka 1.10 from http://www.vicbioinformatics.com /home/yquentin/work/wolbachia/prokka/JHBwCquin/JHBwCquin:Prokka:JHBwCquin_contig000003:Annotated using prokka 1.10 from http://www.vicbioinformatics.com /home/yquentin/work/wolbachia/prokka/JHBwCquin/JHBwCquin:Prokka:JHBwCquin_contig000004:Annotated using prokka 1.10 from http://www.vicbioinformatics.com /home/yquentin/work/wolbachia/prokka/JHBwCquin/JHBwCquin:Prokka:JHBwCquin_contig000005:Annotated using prokka 1.10 from http://www.vicbioinformatics.com /home/yquentin/work/wolbachia/prokka/JHBwCquin/JHBwCquin:Prokka:JHBwCquin_contig000006:Annotated using prokka 1.10 from http://www.vicbioinformatics.com /home/yquentin/work/wolbachia/prokka/JHBwCquin/JHBwCquin:Prokka:JHBwCquin_contig000007:Annotated using prokka 1.10 from http://www.vicbioinformatics.com /home/yquentin/work/wolbachia/prokka/JHBwCquin/JHBwCquin:Prokka:JHBwCquin_contig000008:Annotated using prokka 1.10 from http://www.vicbioinformatics.com /home/yquentin/work/wolbachia/prokka/JHBwCquin/JHBwCquin:Prokka:JHBwCquin_contig000009:Annotated using prokka 1.10 from http://www.vicbioinformatics.com /home/yquentin/work/wolbachia/prokka/JHBwCquin/JHBwCquin:Prokka:JHBwCquin_contig000010:Annotated using prokka 1.10 from http://www.vicbioinformatics.com /home/yquentin/work/wolbachia/prokka/JHBwCquin/JHBwCquin:Prokka:JHBwCquin_contig000011:Annotated using prokka 1.10 from http://www.vicbioinformatics.com /home/yquentin/work/wolbachia/prokka/JHBwCquin/JHBwCquin:Prokka:JHBwCquin_contig000012:Annotated using prokka 1.10 from http://www.vicbioinformatics.com /home/yquentin/work/wolbachia/prokka/JHBwCquin/JHBwCquin:Prokka:JHBwCquin_contig000013:Annotated using prokka 1.10 from http://www.vicbioinformatics.com /home/yquentin/work/wolbachia/prokka/JHBwCquin/JHBwCquin:Prokka:JHBwCquin_contig000014:Annotated using prokka 1.10 from http://www.vicbioinformatics.com /home/yquentin/work/wolbachia/prokka/JHBwCquin/JHBwCquin:Prokka:JHBwCquin_contig000015:Annotated using prokka 1.10 from http://www.vicbioinformatics.com /home/yquentin/work/wolbachia/prokka/JHBwCquin/JHBwCquin:Prokka:JHBwCquin_contig000016:Annotated using prokka 1.10 from http://www.vicbioinformatics.com DiscRep_ALL:SHORT_PROT_SEQUENCES::27 protein sequences are shorter than 50 aa. /home/yquentin/work/wolbachia/prokka/JHBwCquin/JHBwCquin:Prokka:JHBwCquin_00004 (length 45) /home/yquentin/work/wolbachia/prokka/JHBwCquin/JHBwCquin:Prokka:JHBwCquin_00090 (length 49) /home/yquentin/work/wolbachia/prokka/JHBwCquin/JHBwCquin:Prokka:JHBwCquin_00136 (length 46) 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