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2016-2017-MINIPROJETS/fernando_boyrie  - Détection des hairpins
Tool name : Hairpin Detection Given a list of hairpin structures and a list of miRNA reads, it returns, for each structure, the reads that are included at 75% or more in it 
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README                                           ---- OK 
Auteurs / Date / version / rights                ---- OK/OK/abs dans README, OK dans xml/OK
USER's GUIDE                                     ---- NOK : succint, manque mise en forme, images, ligne de commande et paramètres pas assez explicités. C'est en fait le help du wrapper...
Partie help de l'outil Galaxy                    ---- OK
INSTALL GUIDE                                    ---- abs
Intégration à une instance (tool_conf.xml)       ---- OK mais pourquoi deux fois le même fichier (simple et main ==> imcompréhension du rôle du main) ? 
                                                      De plus, il aurait fallu sortir la section dans un guide d'installation du wrapper.
Outil fonctionnel ?                              ---- NOK
Interface utilisateur GUI                        ---- Format des fichiers entrants abs, nom trop long, 
Explication fichiers entrants/ résultats obtenus ---- OK, explications OK.
Fichiers tests fournis                           ---- Non
Tests dans xml (ToolShed)                        ---- OK
Code commenté                                    ---- Non

Install lib comme indiqué dans le readme :
[galaxy-preprod@vm-galaxy-preprod ]$ source /galaxydata/galaxy-preprod/galaxy/.venv/bin/activate
(.venv)[galaxy-preprod@vm-galaxy-preprod ]$ pip install --no-binary :all: fuzzywuzzy
Mais obtention ensuite du message d'erreur suivant :
/galaxydata/galaxy-preprod/galaxy/.venv/lib/python2.7/site-packages/fuzzywuzzy/fuzz.py:35: UserWarning: Using slow pure-python SequenceMatcher. Install python-Levenshtein to remove this warning
  warnings.warn('Using slow pure-python SequenceMatcher. Install python-Levenshtein to remove this warning')
Cannot open a file

--> Ceci n'était pas indiqué dans la doc:
$ pip install --no-binary :all: python-Levenshtein

--> Mais:
Cannot open a file
BUG CODE

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2016-2017-MINIPROJETS/galaxy_delpuech_garcia  - Generation Sequence Hairpins
Tool name : Extract RNA Hairpins Will extract bracketed sequence from RNA reads to form RNA hairpins structures
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README                                           ---- OK 
Auteurs / Date / version / rights                ---- OK/OK/OK/OK
USER's GUIDE                                     ---- OK - Peut être à expliciter plus (contenu fichiers mais aussi exemples d'hairpins)
Partie help de l'outil Galaxy                    ---- OK
INSTALL GUIDE                                    ---- OK, complet 
Intégration à une instance (tool_conf.xml)       ---- OK
Outil fonctionnel ?                              ---- OK ! 
Interface utilisateur GUI                        ---- OK, manque le format des fichiers entrants
Explication fichiers entrants/ résultats obtenus ---- OK
Fichiers tests fournis                           ---- OK très appréciable d'avoir des jeux de données réduits et un fichier de résultats commenté
Tests dans xml (ToolShed)                        ---- OK
Code commenté                                    ---- OK code python indenté et commenté


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5/
2016-2017-MINIPROJETS/Khajavi_vidal
Tool name : RNAdb_jVenn generates venn diagram using jVenn 
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README                                           ---- OK
Auteurs / Date / version / rights                ---- OK/OK/OK/OK et en plus citation de la publi, super. Et Requirements !
USER's GUIDE                                     ---- non
Partie help de l'outil Galaxy                    ---- Moyen (trop limitée à juste la description de l'outil) . Lien vers le user's guide ?
INSTALL GUIDE                                    ---- Non
Intégration à une instance (tool_conf.xml)       ---- Non
Outil fonctionnel ?                              ---- NON  - L'outil ne s'ouvre pas.
Interface utilisateur GUI                        ---- Limitée
Explication fichiers entrants/ résultats obtenus ---- OK avec des exemples, explications, images.
Fichiers tests fournis                           ---- OK, 3 tests plutôt qu'un , bravo !
Tests dans xml (ToolShed)                        ---- OK
Code commenté                                    ---- OK, code python commenté et indenté

--> L'outil ne s'ouvre pas dans Galaxy "No content available." après son intégration dans le tool_conf.xml et comme il n'y a pas les étapes d'install dans le readme --> Blocage.

--> Mail pour leur demander si lde guide d'install et le user guide sont disponibles.

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2/
2016-2017-MINIPROJETS/Projet7_Depierre_Taris_2017
Tool 1:
Find majotary loci For each contig find the locus who got the most number of reads
Tool2 :
SAM/BAM coverage depth samtools depth 
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README                                           ---- OK, complet.
Auteurs / Date / version / rights                ---- OK/OK/OK/OK  , même les citations !
USER's GUIDE                                     ---- Enfin un vrai manuel utilisateur + contexte + Discussion à la clé.
Partie help de l'outil Galaxy                    ---- OK
INSTALL GUIDE                                    ---- OK 
Intégration à une instance (tool_conf.xml)       ---- OK
Outil fonctionnel ?                              ----
Interface utilisateur GUI                        ---- OK
Explication fichiers entrants/ résultats obtenus ---- OK
Fichiers tests fournis                           ---- OK (dommage qu'il manque le BAM)
Tests dans xml (ToolShed)                        ---- OK
Code commenté                                    ---- NOK (caractéristique !)

Non pas un outil mais un pipeline avec 2 tools Galaxy.
Autres plus du projet:
- Code d'un script de tests hors tags tests xml du wrapper
- GitHub
- planemo
- Historiques des changements de code
- Et les tools dependencies !
... Les bons réflexes des developpeurs.


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1/
2016-2017-MINIPROJETS/Projet_TIMOUMA_MANCHENOFERRIS
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README                                           ---- OK
Auteurs / Date / version / rights                ---- 
USER's GUIDE                                     ---- OK Excellent rapport présenté comme une publi
Parte help de l'outil Galaxy                     ---- 
INSTALL GUIDE                                    ---- 
Intégration à une instance (tool_conf.xml)       ---- 
Outil fonctionnel ?                              ----
Interface utilisateur GUI                        ---- 
Explication fichiers entrants/ résultats obtenus ---- 
Fichiers tests fournis                           ---- 
Tests dans xml (ToolShed)                        ---- 
Code commenté                                    ----