############################################################################################################################### 4/ 2016-2017-MINIPROJETS/fernando_boyrie - Détection des hairpins Tool name : Hairpin Detection Given a list of hairpin structures and a list of miRNA reads, it returns, for each structure, the reads that are included at 75% or more in it ############################################################################################################################### README ---- OK Auteurs / Date / version / rights ---- OK/OK/abs dans README, OK dans xml/OK USER's GUIDE ---- NOK : succint, manque mise en forme, images, ligne de commande et paramètres pas assez explicités. C'est en fait le help du wrapper... Partie help de l'outil Galaxy ---- OK INSTALL GUIDE ---- abs Intégration à une instance (tool_conf.xml) ---- OK mais pourquoi deux fois le même fichier (simple et main ==> imcompréhension du rôle du main) ? De plus, il aurait fallu sortir la section dans un guide d'installation du wrapper. Outil fonctionnel ? ---- NOK Interface utilisateur GUI ---- Format des fichiers entrants abs, nom trop long, Explication fichiers entrants/ résultats obtenus ---- OK, explications OK. Fichiers tests fournis ---- Non Tests dans xml (ToolShed) ---- OK Code commenté ---- Non Install lib comme indiqué dans le readme : [galaxy-preprod@vm-galaxy-preprod ]$ source /galaxydata/galaxy-preprod/galaxy/.venv/bin/activate (.venv)[galaxy-preprod@vm-galaxy-preprod ]$ pip install --no-binary :all: fuzzywuzzy Mais obtention ensuite du message d'erreur suivant : /galaxydata/galaxy-preprod/galaxy/.venv/lib/python2.7/site-packages/fuzzywuzzy/fuzz.py:35: UserWarning: Using slow pure-python SequenceMatcher. Install python-Levenshtein to remove this warning warnings.warn('Using slow pure-python SequenceMatcher. Install python-Levenshtein to remove this warning') Cannot open a file --> Ceci n'était pas indiqué dans la doc: $ pip install --no-binary :all: python-Levenshtein --> Mais: Cannot open a file BUG CODE ############################################################################################################################### 3/ 2016-2017-MINIPROJETS/galaxy_delpuech_garcia - Generation Sequence Hairpins Tool name : Extract RNA Hairpins Will extract bracketed sequence from RNA reads to form RNA hairpins structures ############################################################################################################################### README ---- OK Auteurs / Date / version / rights ---- OK/OK/OK/OK USER's GUIDE ---- OK - Peut être à expliciter plus (contenu fichiers mais aussi exemples d'hairpins) Partie help de l'outil Galaxy ---- OK INSTALL GUIDE ---- OK, complet Intégration à une instance (tool_conf.xml) ---- OK Outil fonctionnel ? ---- OK ! Interface utilisateur GUI ---- OK, manque le format des fichiers entrants Explication fichiers entrants/ résultats obtenus ---- OK Fichiers tests fournis ---- OK très appréciable d'avoir des jeux de données réduits et un fichier de résultats commenté Tests dans xml (ToolShed) ---- OK Code commenté ---- OK code python indenté et commenté ############################################################################################################################### 5/ 2016-2017-MINIPROJETS/Khajavi_vidal Tool name : RNAdb_jVenn generates venn diagram using jVenn ############################################################################################################################### README ---- OK Auteurs / Date / version / rights ---- OK/OK/OK/OK et en plus citation de la publi, super. Et Requirements ! USER's GUIDE ---- non Partie help de l'outil Galaxy ---- Moyen (trop limitée à juste la description de l'outil) . Lien vers le user's guide ? INSTALL GUIDE ---- Non Intégration à une instance (tool_conf.xml) ---- Non Outil fonctionnel ? ---- NON - L'outil ne s'ouvre pas. Interface utilisateur GUI ---- Limitée Explication fichiers entrants/ résultats obtenus ---- OK avec des exemples, explications, images. Fichiers tests fournis ---- OK, 3 tests plutôt qu'un , bravo ! Tests dans xml (ToolShed) ---- OK Code commenté ---- OK, code python commenté et indenté --> L'outil ne s'ouvre pas dans Galaxy "No content available." après son intégration dans le tool_conf.xml et comme il n'y a pas les étapes d'install dans le readme --> Blocage. --> Mail pour leur demander si le guide d'install et le user guide sont disponibles. Je ne vois pas ce qui pourrait poser problème à cette étape. Par contre, il y a une instruction d'installation spécifique au script qu'il semble que nous ayons omis: Le script trouve tous ces autres fichiers dans le dossier d'installation. Pour faire celà, le xml passe la racine du dossier d'installation galaxy. Nous n'avons pas trouvé le moyen de faire passer directement le chemin vers l'outil et vous verrez donc que cette ligne dans le code python: res_dir = argv[len(argv)-2] + "/tools/MyTools/vennDiagram/" (ligne 27) requiert que l'outil soit trouvable sous ce chemin (/.../galaxy/tools/MyTools/vennDiagram/) une fois installé. Pour un chemin différent, il faut changer cette ligne de code. Si cette ligne et le chemin réel ne correspondent pas, il y aura une erreur python dès la première ligne où l'un de ces fichiers doit être lu. --> POINT NEGATIF : Il y avait un path en dur dans le code python ... --> J'ai modifié le code py en fonction de cette nouvelle instruction [galaxy-preprod@vm-galaxy-preprod vennDiagram]$ cp jvenn_html_modder.py jvenn_html_modder.py.OLD [galaxy-preprod@vm-galaxy-preprod vennDiagram]$ geany jvenn_html_modder.py & [1] 5137 [galaxy-preprod@vm-galaxy-preprod vennDiagram]$ /etc/init.d/galaxy restart --> NOK Tool request failed Uncaught exception in exposed API method: --> Mail aux étudiants pour les informer que leur outil n'est pas prtable d'une instance galaxy à une autre + les informer du message d'erreur. ############################################################################################################################### 1/ 2016-2017-MINIPROJETS/Projet7_Depierre_Taris_2017 Tool 1: Find majotary loci For each contig find the locus who got the most number of reads Tool2 : SAM/BAM coverage depth samtools depth ############################################################################################################################### README ---- OK, complet. Auteurs / Date / version / rights ---- OK/OK/OK/OK , même les citations ! USER's GUIDE ---- Enfin un vrai manuel utilisateur + contexte + Discussion à la clé. Partie help de l'outil Galaxy ---- OK INSTALL GUIDE ---- OK Intégration à une instance (tool_conf.xml) ---- OK Outil fonctionnel ? ---- OK ! Interface utilisateur GUI ---- OK Explication fichiers entrants/ résultats obtenus ---- OK Fichiers tests fournis ---- OK (dommage qu'il manque le BAM) Tests dans xml (ToolShed) ---- OK Code commenté ---- NOK (caractéristique !) Non pas un outil mais un pipeline avec 2 tools Galaxy. Autres plus du projet: - Code d'un script de tests hors tags tests xml du wrapper - GitHub - planemo - Historiques des changements de code - Et les tools dependencies ! ... Les bons réflexes des developpeurs. ############################################################################################################################### 1bis ~ 2/ 2016-2017-MINIPROJETS/Projet_TIMOUMA_MANCHENOFERRIS Workflow: ############################################################################################################################### README ---- OK Auteurs / Date / version / rights ---- OK/OK/OK/? USER's GUIDE ---- OK Excellent rapport présenté comme une publi Parte help de l'outil Galaxy ---- OK INSTALL GUIDE ---- OK Intégration à une instance (tool_conf.xml) ---- OK Outil fonctionnel ? ---- Un WF ga était attendu, mais ils ont codés un wrapper. Interface utilisateur GUI ---- OK Explication fichiers entrants/ résultats obtenus ---- OK Fichiers tests fournis ---- OK Tests dans xml (ToolShed) ---- OK Code commenté ---- OK Un pipeline entier codé : --> Codé par les étudiants --> Rewrite --> outil récupéré --> outil récupéré --> outil récupéré --> outil récupéré --> outil récupéré tests data: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/281170 ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR197/008/SRR1974288/SRR1974288.fastq.gz. ftp://mirbase.org/pub/mirbase/CURRENT/mature.fa.gz ftp://mirbase.org/pub/mirbase/CURRENT/genomes/mmu.gff3 ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCF/000/001/635/GCF_000001635.25_GRCm38.p5/GCF_000001635.25_GRCm38.p5_genomic.fna.gz. ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/ERR792/ERR792997/ERR792997.fastq.gz A ce niveau, un workflow.ga aurait bien complété le dossier. MAIS: Nous avons fait un wrapper qui effectue les diff ́erentes ́etapes du pipeline. Nous avons impl ́ement ́e ce pipeline sur Galaxy. Nous avons travaill ́e en local. Notre wrapper se pr ́esente sous forme d’un script Python qui effectue s ́equentiellement les diff ́erentes ́etapes du pipeline. --> Tests NOK Point à revoir : - Manque l'etape : format fastq a fastqsanger - Les fichiers de tests sont trop louds (traitements longs).