Index of /~formation/16_SGS-SNP/Corrections/CmdLine/Results

[ICO]NameLast modifiedSizeDescription
[DIR]Parent Directory  -  
[ ]0_fastqc.jobs07-Nov-2023 11:02 120  
[ ]1_bwamem.jobs07-Nov-2023 11:03 428  
[ ]2_index.jobs07-Nov-2023 11:04 60  
[ ]3_flagstat.jobs07-Nov-2023 11:05 118  
[ ]4_md.jobs07-Nov-2023 11:08 410  
[ ]5_recal1.jobs07-Nov-2023 11:09 484  
[ ]6_recal2.jobs07-Nov-2023 11:12 402  
[ ]7_HaplotypeCaller.jobs07-Nov-2023 11:13 364  
[ ]8_CombineGVCFs.jobs07-Nov-2023 11:48 186  
[ ]9_GenotypeGVCFs.jobs07-Nov-2023 11:49 131  
[ ]Gallus_gallus.Gallus_gallus-5.0.dna.toplevel_chr25-26.dict07-Nov-2023 11:09 335  
[ ]Gallus_gallus.Gallus_gallus-5.0.dna.toplevel_chr25-26.fa.amb07-Nov-2023 11:03 597  
[ ]Gallus_gallus.Gallus_gallus-5.0.dna.toplevel_chr25-26.fa.ann07-Nov-2023 11:03 181  
[ ]Gallus_gallus.Gallus_gallus-5.0.dna.toplevel_chr25-26.fa.bwt07-Nov-2023 11:03 7.8M 
[ ]Gallus_gallus.Gallus_gallus-5.0.dna.toplevel_chr25-26.fa.fai07-Nov-2023 11:09 45  
[ ]Gallus_gallus.Gallus_gallus-5.0.dna.toplevel_chr25-26.fa.pac07-Nov-2023 11:03 2.0M 
[ ]Gallus_gallus.Gallus_gallus-5.0.dna.toplevel_chr25-26.fa.sa07-Nov-2023 11:03 3.9M 
[TXT]Gallus_gallus_incl_consequences_chr25-26.vcf.sidx07-Nov-2023 11:55 98K 
[DIR]LOGS/07-Nov-2023 11:49 -  
[ ]SRR-snpEff-annotate.vcf.gz07-Nov-2023 11:55 7.0M 
[ ]SRR-snpEff-annotate.vcf.gz.tbi07-Nov-2023 11:55 4.8K 
[ ]SRR-snpEff.vcf.gz07-Nov-2023 11:54 5.8M 
[ ]SRR-snpEff.vcf.gz.tbi07-Nov-2023 11:54 4.8K 
[TXT]SRR-snpEff_summary.genes.txt07-Nov-2023 11:54 106K 
[TXT]SRR-snpEff_summary.html07-Nov-2023 11:54 345K 
[TXT]SRR.g.vcf07-Nov-2023 11:49 310M 
[TXT]SRR.g.vcf.idx07-Nov-2023 11:49 822K 
[ ]SRR.vcf.gz07-Nov-2023 11:50 5.5M 
[ ]SRR.vcf.gz.tbi07-Nov-2023 11:50 4.5K 
[ ]SRR7062654.bam07-Nov-2023 11:03 147M 
[ ]SRR7062654.bam.bai07-Nov-2023 11:04 23K 
[ ]SRR7062654.bam.flagstat07-Nov-2023 11:05 513  
[ ]SRR7062654.bam.metrics07-Nov-2023 11:08 3.6K 
[ ]SRR7062654.bam.stat07-Nov-2023 11:13 74K 
[ ]SRR7062654.bam.stat-acgt-cycles.gp07-Nov-2023 11:13 3.8K 
[IMG]SRR7062654.bam.stat-acgt-cycles.png07-Nov-2023 11:13 17K 
[ ]SRR7062654.bam.stat-coverage.gp07-Nov-2023 11:13 1.8K 
[IMG]SRR7062654.bam.stat-coverage.png07-Nov-2023 11:13 17K 
[ ]SRR7062654.bam.stat-gc-content.gp07-Nov-2023 11:13 2.4K 
[IMG]SRR7062654.bam.stat-gc-content.png07-Nov-2023 11:13 26K 
[ ]SRR7062654.bam.stat-gc-depth.gp07-Nov-2023 11:13 2.4K 
[IMG]SRR7062654.bam.stat-gc-depth.png07-Nov-2023 11:13 33K 
[ ]SRR7062654.bam.stat-indel-cycles.gp07-Nov-2023 11:13 3.0K 
[IMG]SRR7062654.bam.stat-indel-cycles.png07-Nov-2023 11:13 46K 
[ ]SRR7062654.bam.stat-indel-dist.gp07-Nov-2023 11:13 1.5K 
[IMG]SRR7062654.bam.stat-indel-dist.png07-Nov-2023 11:13 33K 
[ ]SRR7062654.bam.stat-insert-size.gp07-Nov-2023 11:13 13K 
[IMG]SRR7062654.bam.stat-insert-size.png07-Nov-2023 11:13 22K 
[ ]SRR7062654.bam.stat-quals-hm.gp07-Nov-2023 11:13 37K 
[IMG]SRR7062654.bam.stat-quals-hm.png07-Nov-2023 11:13 27K 
[ ]SRR7062654.bam.stat-quals.gp07-Nov-2023 11:13 2.0K 
[IMG]SRR7062654.bam.stat-quals.png07-Nov-2023 11:13 19K 
[ ]SRR7062654.bam.stat-quals2.gp07-Nov-2023 11:13 5.3K 
[IMG]SRR7062654.bam.stat-quals2.png07-Nov-2023 11:13 24K 
[ ]SRR7062654.bam.stat-quals3.gp07-Nov-2023 11:13 78K 
[IMG]SRR7062654.bam.stat-quals3.png07-Nov-2023 11:13 89K 
[TXT]SRR7062654.bam.stat.html07-Nov-2023 11:13 4.9K 
[ ]SRR7062654.md.bai07-Nov-2023 11:08 23K 
[ ]SRR7062654.md.bam07-Nov-2023 11:08 204M 
[ ]SRR7062654.md.recal.bai07-Nov-2023 11:13 23K 
[ ]SRR7062654.md.recal.bam07-Nov-2023 11:13 189M 
[ ]SRR7062654.md.recal.bam.stat07-Nov-2023 11:13 69K 
[ ]SRR7062654.md.recal.bam.stat-acgt-cycles.gp07-Nov-2023 11:13 3.8K 
[IMG]SRR7062654.md.recal.bam.stat-acgt-cycles.png07-Nov-2023 11:13 17K 
[ ]SRR7062654.md.recal.bam.stat-coverage.gp07-Nov-2023 11:13 1.8K 
[IMG]SRR7062654.md.recal.bam.stat-coverage.png07-Nov-2023 11:13 18K 
[ ]SRR7062654.md.recal.bam.stat-gc-content.gp07-Nov-2023 11:13 2.4K 
[IMG]SRR7062654.md.recal.bam.stat-gc-content.png07-Nov-2023 11:13 27K 
[ ]SRR7062654.md.recal.bam.stat-gc-depth.gp07-Nov-2023 11:13 2.4K 
[IMG]SRR7062654.md.recal.bam.stat-gc-depth.png07-Nov-2023 11:13 34K 
[ ]SRR7062654.md.recal.bam.stat-indel-cycles.gp07-Nov-2023 11:13 3.0K 
[IMG]SRR7062654.md.recal.bam.stat-indel-cycles.png07-Nov-2023 11:13 47K 
[ ]SRR7062654.md.recal.bam.stat-indel-dist.gp07-Nov-2023 11:13 1.5K 
[IMG]SRR7062654.md.recal.bam.stat-indel-dist.png07-Nov-2023 11:13 34K 
[ ]SRR7062654.md.recal.bam.stat-insert-size.gp07-Nov-2023 11:13 13K 
[IMG]SRR7062654.md.recal.bam.stat-insert-size.png07-Nov-2023 11:13 22K 
[ ]SRR7062654.md.recal.bam.stat-quals-hm.gp07-Nov-2023 11:13 32K 
[IMG]SRR7062654.md.recal.bam.stat-quals-hm.png07-Nov-2023 11:13 32K 
[ ]SRR7062654.md.recal.bam.stat-quals.gp07-Nov-2023 11:13 2.0K 
[IMG]SRR7062654.md.recal.bam.stat-quals.png07-Nov-2023 11:13 20K 
[ ]SRR7062654.md.recal.bam.stat-quals2.gp07-Nov-2023 11:13 5.3K 
[IMG]SRR7062654.md.recal.bam.stat-quals2.png07-Nov-2023 11:13 25K 
[ ]SRR7062654.md.recal.bam.stat-quals3.gp07-Nov-2023 11:13 67K 
[IMG]SRR7062654.md.recal.bam.stat-quals3.png07-Nov-2023 11:13 88K 
[TXT]SRR7062654.md.recal.bam.stat.html07-Nov-2023 11:13 5.2K 
[TXT]SRR7062654.md.recal.g.vcf07-Nov-2023 11:27 150M 
[TXT]SRR7062654.md.recal.g.vcf.idx07-Nov-2023 11:27 478K 
[ ]SRR7062654.md.recal.table07-Nov-2023 11:11 749K 
[TXT]SRR7062654_R1_fastqc.html07-Nov-2023 11:03 210K 
[ ]SRR7062654_R1_fastqc.zip07-Nov-2023 11:03 231K 
[TXT]SRR7062654_R2_fastqc.html07-Nov-2023 11:03 208K 
[ ]SRR7062654_R2_fastqc.zip07-Nov-2023 11:03 232K 
[ ]SRR7062655.bam07-Nov-2023 11:03 143M 
[ ]SRR7062655.bam.bai07-Nov-2023 11:04 23K 
[ ]SRR7062655.bam.flagstat07-Nov-2023 11:05 513  
[ ]SRR7062655.bam.metrics07-Nov-2023 11:09 3.6K 
[ ]SRR7062655.md.bai07-Nov-2023 11:09 23K 
[ ]SRR7062655.md.bam07-Nov-2023 11:09 199M 
[ ]SRR7062655.md.recal.bai07-Nov-2023 11:13 23K 
[ ]SRR7062655.md.recal.bam07-Nov-2023 11:13 184M 
[TXT]SRR7062655.md.recal.g.vcf07-Nov-2023 11:30 155M 
[TXT]SRR7062655.md.recal.g.vcf.idx07-Nov-2023 11:30 491K 
[ ]SRR7062655.md.recal.table07-Nov-2023 11:10 750K 
[TXT]SRR7062655_R1_fastqc.html07-Nov-2023 11:03 208K 
[ ]SRR7062655_R1_fastqc.zip07-Nov-2023 11:03 229K 
[TXT]SRR7062655_R2_fastqc.html07-Nov-2023 11:03 211K 
[ ]SRR7062655_R2_fastqc.zip07-Nov-2023 11:03 236K